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- PDB-8etb: the crystal structure of a rationally designed zinc sensor based ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8etb
タイトルthe crystal structure of a rationally designed zinc sensor based on maltose binding protein - Zn binding conformation
要素Zinc Sensor protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / zinc (亜鉛) / sensing / Xe NMR
機能・相同性
機能・相同性情報


maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Zhao, Z. / Zhou, M. / Zemerov, S.D. / Marmorstein, R. / Dmochowski, I.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM131907-02 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Rational design of a genetically encoded NMR zinc sensor.
著者: Zhao, Z. / Zhou, M. / Zemerov, S.D. / Marmorstein, R. / Dmochowski, I.J.
履歴
登録2022年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3473
ポリマ－40,2221
非ポリマー1242
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.834, 68.501, 57.923
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Zinc Sensor protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose- ...Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP


分子量: 40222.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: malE, Z5632, ECs5017 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEY0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2M MgCl2 , 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 1.28215 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28215 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→29.34 Å / Num. obs: 79582 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 26.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06689 / Rpim(I) all: 0.03782 / Rrim(I) all: 0.07721 / Net I/σ(I): 9.49
反射 シェル解像度: 1.631→1.69 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5248 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 3782 / CC1/2: 0.855 / CC star: 0.96 / Rrim(I) all: 0.606 / % possible all: 90.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1omp

1omp


解像度: 1.63→29.34 Å / SU ML: 0.2155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.6212
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2341 3852 4.84 %
Rwork0.1977 75729 -
obs0.1993 79581 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2836 0 5 246 3087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00372969
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67084040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.491088
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.650.3869870.32511754X-RAY DIFFRACTION64.06
1.65-1.670.37021420.36322658X-RAY DIFFRACTION94.85
1.67-1.690.33731430.34862690X-RAY DIFFRACTION95.48
1.69-1.720.3211340.32742614X-RAY DIFFRACTION95.45
1.72-1.740.34391420.31062766X-RAY DIFFRACTION96.32
1.74-1.770.3231370.3092691X-RAY DIFFRACTION96.49
1.77-1.80.36391400.29562756X-RAY DIFFRACTION97.18
1.8-1.820.33871380.2982763X-RAY DIFFRACTION98.64
1.82-1.860.25631360.26422691X-RAY DIFFRACTION97.65
1.86-1.890.2931370.24452756X-RAY DIFFRACTION98
1.89-1.930.32671410.24172764X-RAY DIFFRACTION98.08
1.93-1.970.2881360.22472718X-RAY DIFFRACTION97.94
1.97-2.010.25211400.22172767X-RAY DIFFRACTION98.81
2.01-2.060.25531400.22622767X-RAY DIFFRACTION98.54
2.06-2.110.22791400.23212759X-RAY DIFFRACTION98.07
2.11-2.160.24941390.21552710X-RAY DIFFRACTION98.68
2.16-2.230.25511410.2232827X-RAY DIFFRACTION99.3
2.23-2.30.2281370.20812749X-RAY DIFFRACTION98.7
2.3-2.380.25321420.2082771X-RAY DIFFRACTION98.85
2.38-2.480.24661370.20332783X-RAY DIFFRACTION98.65
2.48-2.590.26371400.21142760X-RAY DIFFRACTION98.87
2.59-2.730.2181410.20472779X-RAY DIFFRACTION98.52
2.73-2.90.22531420.21162769X-RAY DIFFRACTION98.25
2.9-3.120.25141420.19572707X-RAY DIFFRACTION97.2
3.12-3.430.24121350.18682665X-RAY DIFFRACTION95.4
3.43-3.930.17261410.15672722X-RAY DIFFRACTION97.55
3.93-4.950.17271410.14262810X-RAY DIFFRACTION99.8
4.95-29.340.22871410.16942763X-RAY DIFFRACTION99.01
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.16967985774-1.087707109090.8897075409292.50027208764-0.1771200423583.1807816512-0.1334259669090.1345546114430.5609213429920.005512296390560.09324895098230.0656503314531-0.139974355043-0.109541811418-0.01490792940810.161526502233-0.0539013461957-0.01148117099060.2082778664150.02579045311060.24682498539431.89990996464.755858488790.0637876073675
22.351476961210.405812609733-0.5488019929961.37064946615-1.028199702126.937980579450.248316408099-0.4841281558240.0984733386330.333018543152-0.195141181533-0.0206450653356-0.07434560101590.559407263674-0.044991770910.297664702735-0.03218601577760.01951873779350.316663332745-0.01763266836560.21856803313848.3533851071-1.1642700924125.659130282
33.65067429823-0.3679423108081.602336311790.923777569593-0.6551123018664.57865133287-0.05448858545680.3406418238410.129674805957-0.06494633493220.031438846569-0.01511878445650.2908261521360.2643133781330.0196519016490.1786233166-0.012353124070.01310876978790.188437837283-0.008466117450330.18829876891843.9269441686-0.10804400864.7801846694
44.622133159340.3738383834673.300639811042.22459795219-0.06644949122672.513458715380.3720748660860.07873320708220.1472097228370.327276128807-0.1052756451380.2896575799590.755643584483-1.11137406095-0.330398782610.547435628276-0.1530239659620.1048754171040.6513247987730.00709744433330.34972878490232.2623458135-6.0142716272931.7542984774
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 105 )1 - 1051 - 105
22chain 'A' and (resid 106 through 245 )106 - 245106 - 245
33chain 'A' and (resid 246 through 333 )246 - 333246 - 333
44chain 'A' and (resid 334 through 366 )334 - 366334 - 366

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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