PDB-8erm: Crystal structure of FliC D2/D3 domains from Pseudomonas aerugino...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8erm

タイトル

Crystal structure of FliC D2/D3 domains from Pseudomonas aeruginosa PAO1

要素

B-type flagellin

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) /

Flagellin (フラジェリン) /

motility (運動性) /

bacteria (細菌) /

flagella (鞭毛)

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.475 Å

データ登録者

Nedeljkovic, M. / Bonsor, D.A. / Postel, S. / Sundberg, E.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: An unbroken network of interactions connecting flagellin domains is required for motility in viscous environments.
著者: Marko Nedeljković / Mark A B Kreutzberger / Sandra Postel / Daniel Bonsor / Yingying Xing / Neil Jacob / William J Schuler / Edward H Egelman / Eric J Sundberg /

要旨: In its simplest form, bacterial flagellar filaments are composed of flagellin proteins with just two helical inner domains, which together comprise the filament core. Although this minimal filament ...

履歴

登録	2022年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8erm.cif.gz	145.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8erm.ent.gz	115.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8erm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8erm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/8erm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	40765C 8sugC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: B-type flagellin

B: B-type flagellin

ヘテロ分子

42.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: B-type flagellin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: B-type flagellin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.486, 36.492, 87.452
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.298, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	B-type flagellin 分子量: 20918.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: fliC, PA1092 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P72151
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate and 0.1 M Tris pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.475→36.49 Å / Num. obs: 55941 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.475→1.5 Å / R_merge(I) obs: 1.008 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2567 / CC_1/2: 0.724 / R_pim(I) all: 0.461

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: low resolution SeMet protein

解像度: 1.475→31.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.202	2773	5 %
R_work	0.1758	53154	-
all	0.178	-	-
obs	0.17707	53148	98.22 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.579 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.985 Å²	-0 Å²	0.367 Å²
2-	-	1.758 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.839 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.475→31.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2714	0	22	346	3082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	2778
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.039	0.017	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.89	1.628	3788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.536	1.572	5988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.051	5	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.061	26.222	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.422	15	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.705	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3235
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.257	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.186	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.285	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.242	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.631	1.608	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.622	1.607	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.179	2.41	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.179	2.412	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.022	1.881	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.949	1.859	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.324	2.709	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.204	2.676	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.044	21.096	2907
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.046	21.103	2908

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.475-1.513	0.308	188	0.282	3684	X-RAY DIFFRACTION	92.6759
1.513-1.555	0.274	183	0.242	3798	X-RAY DIFFRACTION	98.2963
1.555-1.6	0.273	170	0.223	3738	X-RAY DIFFRACTION	98.7867
1.6-1.649	0.245	207	0.216	3629	X-RAY DIFFRACTION	99.0702
1.649-1.703	0.254	185	0.206	3487	X-RAY DIFFRACTION	99.1628
1.703-1.763	0.237	189	0.192	3403	X-RAY DIFFRACTION	99.1444
1.763-1.829	0.24	195	0.181	3239	X-RAY DIFFRACTION	98.1423
1.829-1.904	0.213	160	0.17	3113	X-RAY DIFFRACTION	96.863
1.904-1.989	0.205	161	0.166	3003	X-RAY DIFFRACTION	99.0607
1.989-2.086	0.199	161	0.166	2916	X-RAY DIFFRACTION	99.3221
2.086-2.198	0.202	146	0.17	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.1114
2.198-2.332	0.196	124	0.159	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.4645
2.332-2.492	0.202	119	0.157	2476	X-RAY DIFFRACTION	99.1973
2.492-2.692	0.202	118	0.163	2247	X-RAY DIFFRACTION	96.7676
2.692-2.949	0.198	117	0.172	2131	X-RAY DIFFRACTION	99.2494
2.949-3.296	0.191	95	0.173	1928	X-RAY DIFFRACTION	99.2153
3.296-3.805	0.164	87	0.164	1722	X-RAY DIFFRACTION	98.4222
3.805-4.658	0.157	81	0.148	1428	X-RAY DIFFRACTION	98.563
4.658-6.578	0.192	56	0.19	1122	X-RAY DIFFRACTION	97.3554
6.578-31.67	0.164	32	0.195	674	X-RAY DIFFRACTION	99.1573

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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