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- PDB-8eq6: PD1 signaling receptor bound to FAB Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8eq6
タイトルPD1 signaling receptor bound to FAB Complex
要素
  • Antibody FAB heavy chain
  • Antibody FAB light chain
  • Programmed cell death protein 1PD-1
キーワードSIGNALING PROTEIN/Immune System / Immune signaling receptor FAB complex / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / Potential therapeutics for SARS ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / negative regulation of immune response / B cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / Potential therapeutics for SARS / 獲得免疫系 / external side of plasma membrane / apoptotic process / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PD-1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Bjorkelid, C. / Paluch, C. / Robertson, N.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Not fundedna 英国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2024
タイトル: Antibody agonists trigger immune receptor signaling through local exclusion of receptor-type protein tyrosine phosphatases.
著者: Lippert, A.H. / Paluch, C. / Gaglioni, M. / Vuong, M.T. / McColl, J. / Jenkins, E. / Fellermeyer, M. / Clarke, J. / Sharma, S. / Moreira da Silva, S. / Akkaya, B. / Anzilotti, C. / Morgan, S. ...著者: Lippert, A.H. / Paluch, C. / Gaglioni, M. / Vuong, M.T. / McColl, J. / Jenkins, E. / Fellermeyer, M. / Clarke, J. / Sharma, S. / Moreira da Silva, S. / Akkaya, B. / Anzilotti, C. / Morgan, S.H. / Jessup, C.F. / Korbel, M. / Gileadi, U. / Leitner, J. / Knox, R. / Chirifu, M. / Huo, J. / Yu, S. / Ashman, N. / Lui, Y. / Wilkinson, I. / Attfield, K.E. / Fugger, L. / Robertson, N.J. / Lynch, C.J. / Murray, L. / Steinberger, P. / Santos, A.M. / Lee, S.F. / Cornall, R.J. / Klenerman, D. / Davis, S.J.
履歴
登録2022年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 1
L: Antibody FAB light chain
H: Antibody FAB heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3023
ポリマ－62,3023
非ポリマー00
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.744, 78.510, 102.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.423, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / PD-1 / Protein PD-1 / hPD-1


分子量: 14365.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / 発現宿主: Expression vector pcDNA-inf (その他) / 参照: UniProt: Q15116
#2: 抗体 Antibody FAB light chain


分子量: 23442.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Expression vector pcDNA-inf (その他)
#3: 抗体 Antibody FAB heavy chain


分子量: 24493.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Expression vector pcDNA-inf (その他)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20.5% PEG 3350, 0.4M MgCl2, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→49.62 Å / Num. obs: 60066 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 15.86 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.169 / Net I/av σ(I): 5.6 / Net I/σ(I): 4.86
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 2.329 / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 10635 / CC1/2: 0.338 / Rpim(I) all: 1.246 / Rrim(I) all: 2.657 / % possible all: 86.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6k0y

6k0y


解像度: 1.65→49.616 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.229 / WRfactor Rwork: 0.196 / SU B: 5.284 / SU ML: 0.15 / Average fsc free: 0.919 / Average fsc work: 0.933 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2642 3020 5.029 %RANDOM
Rwork0.2278 57032 --
all0.23 ---
obs-60052 98.926 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 25.019 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.359 Å20 Å20.404 Å2
2--0.601 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→49.616 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3877 0 0 183 4060
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0123985
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5991.6535421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.541.5588272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0775502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.661520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1610639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg17.29810163
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2595
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2050.23300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21891
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0920.22257
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2420.239
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1410.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3062.4992011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3062.4982011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3293.7352503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3293.7362504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1262.7881974
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1252.7881975
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6054.0472915
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6044.0472916
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.89436.0234232
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.8835.5764211
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.65-1.6930.3951990.3937120.3944230.7780.79788.42410.392
1.693-1.740.4192150.37840770.3843770.870.88998.0580.38
1.74-1.790.3772530.34640000.34842530.8910.9031000.347
1.79-1.8450.3612130.34539070.34641200.8980.9051000.346
1.845-1.9050.3252030.32537760.32539800.9240.91499.97490.328
1.905-1.9720.3511880.33436740.33438650.8630.89499.92240.341
1.972-2.0460.2881850.26635150.26737020.9410.94999.9460.264
2.046-2.130.31820.27534040.27635910.9350.94299.86080.275
2.13-2.2240.2831520.21533210.21834740.9470.96899.97120.204
2.224-2.3330.3241460.27431260.27632740.9080.93299.93890.265
2.333-2.4590.2471630.19829720.231370.9620.97699.93620.176
2.459-2.6070.2591590.19727830.20129430.9570.97799.9660.176
2.607-2.7870.2931200.20526730.20927940.9460.97399.96420.177
2.787-3.0090.251300.19224870.19426180.9630.97799.96180.166
3.009-3.2950.2271320.18322470.18623790.9670.9791000.162
3.295-3.6820.221980.19320870.19421890.9720.97899.81730.173
3.682-4.2480.182880.1718200.17119160.9790.98399.58250.157
4.248-5.1930.166990.1515310.15116300.9820.9881000.142
5.193-7.3040.23550.18912280.19112830.9750.981000.181
7.304-49.6160.252400.26900.2027310.9670.97599.86320.202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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