+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eq3 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Escherichia coli pyruvate kinase A301T | |||||||||
要素 | Pyruvate kinaseピルビン酸キナーゼ | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Pyruvate kinase (ピルビン酸キナーゼ) / Long term evolution experiment / Kinase (キナーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ピルビン酸キナーゼ / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / kinase activity / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å | |||||||||
データ登録者 | Donovan, K.A. / Coombes, D. / Dobson, R.C.J. / Cooper, T.F. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Beneficial mutations occurring in E. coli pyruvate kinase afford new allosteric mechanisms leading to faster resumption of growth 著者: Donovan, K.A. / Coombes, D. / Dobson, R.C.J. / Cooper, T.F. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8eq3.cif.gz | 359.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8eq3.ent.gz | 293.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8eq3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/8eq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/8eq3 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8edqC 8edrC 8edsC 8edtC 8eq0C 8eq1C 8eu4C 4yngS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50822.348 Da / 分子数: 2 / 変異: A301T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EL79_2019, EL80_2048 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A0G552, ピルビン酸キナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-IMD / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.83 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M (Malonic acid, Imidazole, Boric acid), 25 % w/v PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→55.85 Å / Num. obs: 80594 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0415 / Net I/σ(I): 13.63 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.082 Å / Rmerge(I) obs: 0.3238 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 7347 / CC1/2: 0.753 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4YNG 解像度: 2.01→55.85 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.83 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.09 Å2 / Biso mean: 30.2407 Å2 / Biso min: 11.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.01→55.85 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29
|