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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8emz | ||||||
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タイトル | Structure of GII.17 norovirus in complex with Nanobody 2 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / norovirus (ノロウイルス) / Nanobody (ナノボディ) / inhibitor (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / VP1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Norovirus (ノロウイルス) Vicugna pacos (アルパカ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kher, G. / Sabin, C. / Pancera, M. / Koromyslova, A. / Hansman, G. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2023 タイトル: Direct Blockade of the Norovirus Histo-Blood Group Antigen Binding Pocket by Nanobodies. 著者: Kher, G. / Sabin, C. / Lun, J.H. / Devant, J.M. / Ruoff, K. / Koromyslova, A.D. / von Itzstein, M. / Pancera, M. / Hansman, G.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8emz.cif.gz | 109.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8emz.ent.gz | 81.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8emz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8emyC 8en0C 8en1C 8en2C 8en3C 8en4C 8en5C 8en6C 5f4oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34041.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus (ノロウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S1Z370 | ||||
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#2: 抗体 | 分子量: 14128.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M bicine [pH 9] and 30% [w/v] PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→117.53 Å / Num. obs: 85355 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.009 % / Biso Wilson estimate: 20.02 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.97→4.19 Å / 冗長度: 7.015 % / Num. unique obs: 2485 / CC1/2: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5f4o 解像度: 1.4→48.85 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.42 Å2 / Biso mean: 28.5252 Å2 / Biso min: 12.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→48.85 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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