PDB-8emb: X-ray crystal structure of Thermosynechococcus elongatus Si3 doma...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 8emb

タイトル

X-ray crystal structure of Thermosynechococcus elongatus Si3 domain of RNA polymerase RpoC2 subunit

要素

DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

ポリメラーゼ

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / Lineage specific insertion / trigger loop

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity /

ポリメラーゼ / DNA-templated transcription /

DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.06 Å

データ登録者

Murakami, K.S. / Imashimizu, M. / Qayyum, M.Z. / Vishwakarma, R.K. / Yuzenkova, Y.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM131860	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM087350	米国

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure and function of the Si3 insertion integrated into the trigger loop/helix of cyanobacterial RNA polymerase.
著者: M Zuhaib Qayyum / Masahiko Imashimizu / Miron Leanca / Rishi K Vishwakarma / Amber Riaz-Bradley / Yulia Yuzenkova / Katsuhiko S Murakami /

要旨: Cyanobacteria and evolutionarily related chloroplasts of algae and plants possess unique RNA polymerases (RNAPs) with characteristics that distinguish them from canonical bacterial RNAPs. The largest ...

履歴

登録	2022年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8emb.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8emb.ent.gz	917.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8emb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/8emb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	40874C 42502C 8syiC 8urwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

F: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

361 kDa, 6 ポリマー
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1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
60.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

登録者が定義した集合体
60.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

登録者が定義した集合体
60.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

登録者が定義した集合体
60.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

登録者が定義した集合体
60.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

登録者が定義した集合体
60.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	178.663, 178.663, 281.038
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 440 through 798 or resid 808 through 977))
d_2	ens_1	(chain "B" and resid 440 through 977)
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 440 through 798 or resid 808 through 977))
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 440 through 798 or resid 808 through 977))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	THR	ILE	A	7 - 365
d_1	2	ens_1	ASP	PHE	A	375 - 544
d_2	1	ens_1	THR	PHE	B	7 - 535
d_3	1	ens_1	THR	ILE	C	1 - 359
d_3	2	ens_1	ASP	PHE	C	362 - 531
d_4	1	ens_1	THR	ILE	D	4 - 362
d_4	2	ens_1	ASP	PHE	D	372 - 541

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9912474505, -0.129704468105, 0.0246016834901), (-0.12943159318, 0.991511015716, 0.0123841996604), (-0.0259991262154, 0.00909157125079, -0.99962062242)	110.257332111, -52.2510106831, 471.510429317
2	given	(0.989464396154, 0.134126700644, -0.0544998799718), (-0.137179881628, 0.988917601919, -0.0567772550553), (0.0462805447144, 0.0636553594719, 0.996898242747)	-12.4208357901, -90.8381694468, -14.3958081299
3	given	(0.581819555948, 0.800248648931, -0.145217437663), (-0.80911254451, 0.587643775678, -0.00341807312008), (0.0826008149661, 0.119485952279, 0.989393861197)	-135.786792366, 79.6698738905, -26.0799815274

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 60191.102 Da / 分子数: 6 / 変異: L508M, L738M, A922M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア) 株: NIES-2133 / IAM M-273 / BP-1 / 遺伝子: rpoC2, tll0640 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DL57, ポリメラーゼ
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

#1: タンパク質

DNA-directed RNA polymerase subunit beta' /

ポリメラーゼ / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'

分子量: 60191.102 Da / 分子数: 6 / 変異: L508M, L738M, A922M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: NIES-2133 / IAM M-273 / BP-1 / 遺伝子: rpoC2, tll0640 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DL57,

ポリメラーゼ

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.34 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5, 0.4-0.6 M magnesium chloride, 4-6% PEG3350, 50 ug/mL heparin

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9788 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.06→50 Å / Num. obs: 96754 / % possible obs: 98.14 % / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 88.96 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.209 / Χ²: 1.724 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 3.07→3.12 Å / 冗長度: 9.5 % / Num. unique obs: 4161 / CC_1/2: 0.263 / Χ²: 1.319 / % possible all: 85.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.06→49.61 Å / SU ML: 0.4902 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.3571
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2845	3813	2.06 %
R_work	0.2644	181249	-
obs	0.2648	96540	98.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 130.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.06→49.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21086	0	0	0	21086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	21349
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7496	28943
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0531	3444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	3822
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.8625	8145

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.93391055876
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	3.60984270944
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	3.25568545146

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.06-3.1	0.3709	112	0.3899	5270	X-RAY DIFFRACTION	76.37
3.1-3.14	0.4259	121	0.3837	5814	X-RAY DIFFRACTION	84.8
3.14-3.19	0.394	134	0.3775	6392	X-RAY DIFFRACTION	93.59
3.19-3.23	0.4253	144	0.3935	6767	X-RAY DIFFRACTION	99.24
3.23-3.28	0.419	145	0.3787	6725	X-RAY DIFFRACTION	99.42
3.28-3.33	0.3988	142	0.3531	6937	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.33-3.39	0.3542	140	0.3477	6725	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.39-3.44	0.3446	144	0.329	6912	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.44-3.51	0.3159	148	0.3119	6835	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.51-3.57	0.3384	147	0.3087	6827	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.58-3.65	0.3681	146	0.291	6764	X-RAY DIFFRACTION	99.77
3.65-3.73	0.3203	141	0.2908	6844	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.73-3.81	0.3106	141	0.3011	6807	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.81-3.91	0.349	144	0.2832	6835	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.91-4.01	0.2926	136	0.2532	6838	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.02-4.13	0.2774	144	0.2459	6817	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.13-4.27	0.2698	142	0.2356	6868	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.27-4.42	0.2366	144	0.2231	6786	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.42-4.6	0.2365	141	0.2181	6877	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.6-4.8	0.2013	136	0.216	6785	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.8-5.06	0.2913	144	0.2322	6837	X-RAY DIFFRACTION	99.91
5.06-5.37	0.2609	144	0.2318	6833	X-RAY DIFFRACTION	99.94
5.37-5.79	0.2489	152	0.2663	6814	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.79-6.37	0.2953	144	0.2852	6865	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.37-7.29	0.3292	140	0.2775	6822	X-RAY DIFFRACTION	99.99
7.29-9.17	0.2628	150	0.2442	6823	X-RAY DIFFRACTION	100
9.17-49.61	0.2108	147	0.2236	6830	X-RAY DIFFRACTION	99.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.95054973023	-1.95585976824	0.110758205464	7.05913318835	2.37947910548	7.25114813873	0.00988043389199	0.221575319437	-0.371892523437	-0.481461444243	0.0653806716729	0.402167130925	0.151007013388	-0.190902247866	-0.0904243245651	0.394683786275	-0.13592405717	-0.135513117347	0.579595516702	0.0317089085151	0.848093154584	50.4607502009	196.899639514	236.616962673
2	4.48107359136	-3.79303115788	2.55522192647	6.4817773168	-4.74631100753	7.33324058496	-0.501068995989	-0.137328767565	0.484608721558	0.310664136166	0.337475232019	0.288232253451	-1.07855517459	-1.05837410781	0.0979883256514	1.16721804174	0.409737502833	-0.123643833936	0.984989942295	-0.0286720338654	1.14172314112	31.3849314897	225.418110818	239.031230109
3	2.17259904688	-0.17543808545	1.24636798556	3.34055991849	-1.48583152704	3.50896697728	-0.357934553976	-0.40543637323	0.246771865588	1.03093374321	0.103494529027	-0.201399326231	-0.61215328123	-0.16513918177	0.219432764342	1.40788462171	0.336533622512	-0.120087482293	0.995881978159	-0.0400753520951	0.776842274797	9.80022877342	243.699446671	201.224247995
4	8.2944702656	2.19030414931	2.53779488373	7.63757972554	-1.74888263417	8.00035922158	-0.0661494600403	0.493595633589	-0.141087892992	0.183448350829	0.161643381145	-0.342338895343	0.716116891186	0.0898125060437	-0.0805652177594	0.784266473886	0.183683045391	-0.0126957983437	0.828181516424	0.0395973641995	0.637576649677	-6.71280412538	241.045510762	168.308215863
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1	1	chain 'A' and (resid 434:481 or resid 947:983)	A	A	434 - 983	1 - 550
2	2	chain 'A' and (resid 482:538 or resid 828:894)	A	A	482 - 894	49 - 461
3	3	chain 'A' and (resid 539:630 or resid 741:827)	A	A	539 - 827	106 - 394
4	4	chain 'A' and (resid 631:740)	A	A	631 - 740	198 - 307
5	5	chain 'A' and (resid 895:946)	A	A	895 - 946	462 - 513
6	6	chain 'B' and (resid 434:481 or resid 947:983)	B	B	434 - 983	1 - 541
7	7	chain 'B' and (resid 482:538 or resid 828:894)	B	B	482 - 894	49 - 452
8	8	chain 'B' and (resid 539:630 or resid 741:827)	B	B	539 - 827	106 - 385
9	9	chain 'B' and (resid 631:740)	B	B	631 - 740	198 - 307
10	10	chain 'B' and (resid 895:946)	B	B	895 - 946	453 - 504
11	11	chain 'C' and (resid 440:481 or resid 947:977)	C	C	440 - 977	1 - 531
12	12	chain 'C' and (resid 482:538 or resid 828:894)	C	C	482 - 894	43 - 448
13	13	chain 'C' and (resid 539:630 or resid 741:827)	C	C	539 - 827	100 - 381
14	14	chain 'C' and (resid 631:740)	C	C	631 - 740	192 - 301
15	15	chain 'C' and (resid 895:946)	C	C	895 - 946	449 - 500
16	16	chain 'D' and (resid 437:481 or resid 947:979)	D	D	437 - 979	1 - 543
17	17	chain 'D' and (resid 482:538 or resid 828:894)	D	D	482 - 894	46 - 458
18	18	chain 'D' and (resid 539:630 or resid 741:827)	D	D	539 - 827	103 - 391
19	19	chain 'D' and (resid 631:740)	D	D	631 - 740	195 - 304
20	20	chain 'D' and (resid 895:946)	D	D	895 - 946	459 - 510
21	21	chain 'E' and (resid 511:538 or resid 828:868)	E	E	511 - 868	1 - 358
22	22	chain 'E' and (resid 539:630 or resid 741:827)	E	E	539 - 827	29 - 317
23	23	chain 'E' and (resid 631:740)	E	E	631 - 740	121 - 230
24	24	chain 'F' and (resid 440:481 or resid 947:983)	F	F	440 - 976	1 - 246
25	25	chain 'F' and (resid 482:537 or resid 829:894)	F	F	482 - 894	43 - 164
26	26	chain 'F' and (resid 895:946)	F	F	895 - 946	165 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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