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万見
- PDB-8e1d: NMR-derived ensemble of the TAZ2 domain of p300 bound to the micr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e1d
タイトルNMR-derived ensemble of the TAZ2 domain of p300 bound to the microphthalmia-associated transcription factor
要素
  • Histone acetyltransferase p300
  • Microphthalmia-associated transcription factor
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSFERASE / TAZ2 / MITF / METAL BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


melanocyte apoptotic process / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA damage repair and senescence / behavioral defense response / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation ...melanocyte apoptotic process / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA damage repair and senescence / behavioral defense response / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / swimming / peptide butyryltransferase activity / histone H2B acetyltransferase activity / thigmotaxis / regulation of RNA biosynthetic process / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / protein propionyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / peptidyl-lysine acetylation / macrophage derived foam cell differentiation / lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / STAT family protein binding / regulation of osteoclast differentiation / melanocyte differentiation / histone H4 acetyltransferase activity / cellular response to L-leucine / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H3 acetyltransferase activity / bone remodeling / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / E-box binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / acetylation-dependent protein binding / NGF-stimulated transcription / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / histone H3K18 acetyltransferase activity / Polo-like kinase mediated events / camera-type eye development / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / regulation of androgen receptor signaling pathway / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / regulation of mitochondrion organization / positive regulation by host of viral transcription / face morphogenesis / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / regulation of glycolytic process / Nuclear events mediated by NFE2L2 / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of NFE2L2 gene expression / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / platelet formation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / megakaryocyte development / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / regulation of tubulin deacetylation / nuclear androgen receptor binding / cell fate commitment / acyltransferase activity / internal protein amino acid acetylation / protein acetylation / fat cell differentiation / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Formation of paraxial mesoderm / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / PI5P Regulates TP53 Acetylation / acetyltransferase activity / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Zygotic genome activation (ZGA) / RUNX3 regulates p14-ARF / SUMOylation of transcription factors / NF-kappaB binding / histone acetyltransferase complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Attenuation phase / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / cellular response to nutrient levels / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of gluconeogenesis / somitogenesis / canonical NF-kappaB signal transduction / pre-mRNA intronic binding
類似検索 - 分子機能
MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily ...MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Bromodomain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Microphthalmia-associated transcription factor / Histone acetyltransferase p300
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Langelaan, D.N. / Branch, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Other private カナダ
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Mol Cell Res / 年: 2023
タイトル: Structural basis of CBP/p300 recruitment by the microphthalmia-associated transcription factor.
著者: Brown, A.D. / Vergunst, K.L. / Branch, M. / Blair, C.M. / Dupre, D.J. / Baillie, G.S. / Langelaan, D.N.
履歴
登録2022年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Microphthalmia-associated transcription factor
A: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0245
ポリマ－13,8282
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, We observe intermolecular NOE contacts between the protein chains, homology, TAZ2 binds many different activation domains in a 1:1 manner, isothermal titration ...根拠: NMR Distance Restraints, We observe intermolecular NOE contacts between the protein chains, homology, TAZ2 binds many different activation domains in a 1:1 manner, isothermal titration calorimetry, We observe 1:1 binding via ITC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1170 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area9080 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Microphthalmia-associated transcription factor / Class E basic helix-loop-helix protein 32 / bHLHe32


分子量: 3720.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MITF, BHLHE32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75030
#2: タンパク質 Histone acetyltransferase p300 / p300 HAT / E1A-associated protein p300 / Histone butyryltransferase p300 / Histone ...p300 HAT / E1A-associated protein p300 / Histone butyryltransferase p300 / Histone crotonyltransferase p300 / Protein 2-hydroxyisobutyryltransferase p300 / Protein lactyltransferas p300 / Protein propionyltransferase p300


分子量: 10107.916 Da / 分子数: 1 / Mutation: C1738A C1746A C1789A C1790A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EP300, P300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q09472, histone acetyltransferase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic13D HNCO
1111isotropic13D HCACO
1101isotropic13D HN(CA)CB
191isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D C(CO)NH
171isotropic13D H(CCO)NH
161isotropic13D (H)CCH-COSY
151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
131isotropic13D HBHA(CO)NH
1161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1151isotropic13D 1H-15N NOESY
1142isotropic12D 1H-13C HSQC
1132isotropic12D 1H-15N HSQC
1122isotropic13D HNCO
1262isotropic13D HCACO
1252isotropic13D HN(CA)CB
1242isotropic13D CBCA(CO)NH
1232isotropic13D C(CO)NH
1222isotropic13D H(CCO)NH
1212isotropic13D (H)CCH-COSY
1202isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1192isotropic13D HBHA(CO)NH
1182isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1172isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1292isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution120 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES), 5 mM beta mercaptoethanol, 10 uM Zinc chloride, 1 mM [U-13C; U-15N] Microphthalmia-associated transcription factor, 1.2 mM TAZ2 domain of p300, 95% H2O/5% D2OMITF-labelled complex95% H2O/5% D2O
solution220 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES), 5 mM beta mercaptoethanol, 10 mM Zinc chloride, 1.15 mM Microphthalmia-associated transcription factor, 0.95 mM [U-13C; U-15N] TAZ2 domain of p300, 95% H2O/5% D2OTaz2-labelled complex95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES)natural abundance1
5 mMbeta mercaptoethanolnatural abundance1
10 uMZinc chloridenatural abundance1
1 mMMicrophthalmia-associated transcription factor[U-13C; U-15N]1
1.2 mMTAZ2 domain of p300natural abundance1
20 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES)natural abundance2
5 mMbeta mercaptoethanolnatural abundance2
10 mMZinc chloridenatural abundance2
1.15 mMMicrophthalmia-associated transcription factornatural abundance2
0.95 mMTAZ2 domain of p300[U-13C; U-15N]2
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: condition 1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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