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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8.0E+18 | ||||||
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Title | Crystal structure of apo TnmK1 | ||||||
![]() | Secreted hydrolase | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, Y.-C. / Gui, C. / Shen, B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Intramolecular C-C Bond Formation Links Anthraquinone and Enediyne Scaffolds in Tiancimycin Biosynthesis. Authors: Gui, C. / Kalkreuter, E. / Liu, Y.C. / Adhikari, A. / Teijaro, C.N. / Yang, D. / Chang, C. / Shen, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 272.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 182.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8e19C ![]() 5unoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 52201.891 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.55 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M HEPES, pH 7.0, 1.0 M succinic acid, pH 7.0, and 1% w/v PEG 2000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 15, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.13→30 Å / Num. obs: 172050 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 15.01 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 56.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.13→1.15 Å / Num. unique obs: 9157 / CC1/2: 0.723 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5UNO Resolution: 1.14→29.64 Å / SU ML: 0.0853 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 12.4564 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.14→29.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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