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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dw8 | ||||||
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タイトル | Host-guest structure of BLMA2 partially bound to 5'-ATTAGTTATAACTAAT-3' | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / host-guest complex / bleomycin A2 / Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell late endosome membrane / virion assembly / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination ...host cell late endosome membrane / virion assembly / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / viral nucleocapsid / DNA recombination / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / タンパク質分解 / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Moloney murine leukemia virus (マウス白血病ウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å | ||||||
データ登録者 | Georgiadis, M.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Two distinct rotations of bithiazole DNA intercalation revealed by direct comparison of crystal structures of Co(III)•bleomycin A 2 and B 2 bound to duplex 5'-TAGTT sites. 著者: Goodwin, K.D. / Lewis, M.A. / Long, E.C. / Georgiadis, M.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dw8.cif.gz | 129.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dw8.ent.gz | 94.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dw8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/8dw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/8dw8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8dw1C 8dwmC 1ztwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30023.531 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal fragment (UNP residues 683-937) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (マウス白血病ウイルス) 遺伝子: gag-pro-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8UN00 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2440.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 2409.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: 化合物 | ChemComp-BLM / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Crystals of the host-guest complex were obtained in 5 mM magnesium acetate, 50 mM ADA, pH 6.5, 9% PEG4000. To obtain complexes with BLM, crystals were soaked in well solutions containing 0.1 ...詳細: Crystals of the host-guest complex were obtained in 5 mM magnesium acetate, 50 mM ADA, pH 6.5, 9% PEG4000. To obtain complexes with BLM, crystals were soaked in well solutions containing 0.1 mM BLM followed by stabilization in 9% PEG4000, 5 mM magnesium acetate, 100 mM HEPES pH 8.0, 20% ethylene glycol, 0.25 mM BLM until unit cell changes correlating with binding of BLM were detected. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97948 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 11646 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 49.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1ZTW 解像度: 2.58→39.4 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.84 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 264.15 Å2 / Biso mean: 62.6368 Å2 / Biso min: 19.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.58→39.4 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4
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