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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8djj | |||||||||
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タイトル | Polymorphism in SARS-CoV-2 Nsp5 main protease reveals differences in cleavage of viral and host substrates | |||||||||
要素 | 3C-like proteinase nsp5 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 5'-3' DNA helicase activity / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å | |||||||||
データ登録者 | Khan, M.B. / Lu, J. / Young, H.S. / Lemieux, M.J. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023 タイトル: SARS-CoV-2 M pro Protease Variants of Concern Display Altered Viral Substrate and Cell Host Target Galectin-8 Processing but Retain Sensitivity toward Antivirals. 著者: Chen, S.A. / Arutyunova, E. / Lu, J. / Khan, M.B. / Rut, W. / Zmudzinski, M. / Shahbaz, S. / Iyyathurai, J. / Moussa, E.W. / Turner, Z. / Bai, B. / Lamer, T. / Nieman, J.A. / Vederas, J.C. / ...著者: Chen, S.A. / Arutyunova, E. / Lu, J. / Khan, M.B. / Rut, W. / Zmudzinski, M. / Shahbaz, S. / Iyyathurai, J. / Moussa, E.W. / Turner, Z. / Bai, B. / Lamer, T. / Nieman, J.A. / Vederas, J.C. / Julien, O. / Drag, M. / Elahi, S. / Young, H.S. / Lemieux, M.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8djj.cif.gz | 159.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8djj.ent.gz | 104 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8djj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8djj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8djj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8di3C 8dk8C 8dkhC 8dkjC 8dkkC 8dklC 8dkzC 8dmnC 8ej7C 8ej9C 6wtmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33855.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, 3C様プロテアーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium Phosphate, 0.1 M Tris, 50 % MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.51→48.56 Å / Num. obs: 8994 / % possible obs: 97.14 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 46.11 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 14.96 |
反射 シェル | 解像度: 2.51→2.6 Å / Num. unique obs: 736 / CC1/2: 0.887 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6WTM 解像度: 2.51→48.56 Å / SU ML: 0.4083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.957 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.51→48.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -16.794023817 Å / Origin y: 14.8476983149 Å / Origin z: 17.2194128518 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |