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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dit | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a HOPS core complex containing Vps33, Vps16, and Vps18 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / HOPS / membrane tethering / SNAREs / membrane fusion / endolysosomal trafficking | ||||||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Port, S.A. / Farrell, P.D. / Jeffrey, P.D. / DiMaio, F. / Hughson, F.M. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the HOPS core complex and its implication for SNARE assembly 著者: Port, S.A. / Farrell, P.D. / Jeffrey, P.D. / DiMaio, F. / Hughson, F.M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dit.cif.gz | 429.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dit.ent.gz | 342 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dit.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/8dit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/8dit | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 77119.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / プラスミド: pQLinkH-Vps33:Vps16 / 詳細 (発現宿主): co-expression plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon+ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 94204.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / プラスミド: pQLinkH-Vps33:Vps16 / 詳細 (発現宿主): co-expression plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon+ |
#3: タンパク質 | 分子量: 108527.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / プラスミド: pQLinkN-Vps18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.08 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: PELCO Easiglow, 10 mA/ 10 s discharge/ 30 s hold / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K 詳細: Blotting parameters: 30 seconds waiting time, blotting force 1, blot total 1 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 0.03 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5.6 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3590 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4092244 / 詳細: blob picker 60-280A (circular) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 154917 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 5.1 Å |