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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dhr | ||||||
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タイトル | An ester mutant of SfGFP | ||||||
![]() | Green fluorescent protein![]() | ||||||
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機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Reddi, R. / Valiyaveetil, F.I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A facile approach for incorporating tyrosine esters to probe ion-binding sites and backbone hydrogen bonds. 著者: Reddi, R. / Chatterjee, S. / Matulef, K. / Gustafson, A. / Gao, L. / Valiyaveetil, F.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 205.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8thnC ![]() 2b3pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 27773.193 Da / 分子数: 2 変異: R30S, N39Y, L64F, R80Q, S99F, T105N, F145Y, T153M, A163V, V171I, V206A 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: GFP / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.31 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Hepes, pH 7.5 and 25% Peg4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.75→45.15 Å / Num. obs: 42753 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.54 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2475 / CC1/2: 0.84 |
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2B3P 解像度: 1.75→44.08 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 66.65 Å2 / Biso mean: 16.0848 Å2 / Biso min: 3.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.75→44.08 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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