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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dfn | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) H164N Mutant | ||||||
要素 | 3C-like proteinase nsp5 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Protease (プロテアーゼ) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Mpro / Mutation (突然変異) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / : / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å | ||||||
データ登録者 | Lewandowski, E.M. / Butler, S.G. / Hu, Y. / Tan, H. / Wang, J. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023 タイトル: Naturally Occurring Mutations of SARS-CoV-2 Main Protease Confer Drug Resistance to Nirmatrelvir. 著者: Hu, Y. / Lewandowski, E.M. / Tan, H. / Zhang, X. / Morgan, R.T. / Zhang, X. / Jacobs, L.M.C. / Butler, S.G. / Gongora, M.V. / Choy, J. / Deng, X. / Chen, Y. / Wang, J. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Naturally occurring mutations of SARS-CoV-2 main protease confer drug resistance to nirmatrelvir. 著者: Hu, Y. / Lewandowski, E.M. / Tan, H. / Zhang, X. / Morgan, R.T. / Zhang, X. / Jacobs, L.M.C. / Butler, S.G. / Gongora, M.V. / Choy, J. / Deng, X. / Chen, Y. / Wang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dfn.cif.gz | 136.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dfn.ent.gz | 104.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dfn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/8dfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/8dfn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33801.500 Da / 分子数: 2 / 変異: H164N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, 3C様プロテアーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.55 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 25 % PEG 3350 , 0.1M Potassium/Sodium Tartrate, 0.0005 M Magnesium Chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 33845 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 16.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.08 Å / Rmerge(I) obs: 0.533 / Num. unique obs: 1684 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7LYH 解像度: 2.04→43.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.871 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 138.25 Å2 / Biso mean: 31.684 Å2 / Biso min: 12.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.04→43.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.04→2.091 Å / Rfactor Rfree error: 0
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