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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d71 | ||||||
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タイトル | Human Ago2 bound to miR122(21nt) | ||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation ...: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of PTEN mRNA translation / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / Transcriptional Regulation by MECP2 / positive regulation of trophoblast cell migration / RNA secondary structure unwinding / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / mRNA cap binding / RISC complex assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / miRNA processing / RNA 7-methylguanosine cap binding / pre-miRNA processing / siRNA processing / siRNA binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RISC complex / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA polymerase II complex binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Regulation of MECP2 expression and activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of translational initiation / RNA endonuclease activity / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xiao, Y. / MacRae, I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A tiny loop in the Argonaute PIWI domain tunes small RNA seed strength. 著者: Xiao, Y. / Liu, T.M. / MacRae, I.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 327.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 263.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8d6jC ![]() 4olaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97402.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9UKV8, ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 6788.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.77 % |
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結晶化![]() | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Tris 8, 0.01 MgCl2, 0.1M Phenol,15% PEG 3350, 10% Isoproponal |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.5→39.2 Å / Num. obs: 30149 / % possible obs: 98.72 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 47.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01911 / Net I/σ(I): 23.81 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1429 / Mean I/σ(I) obs: 4.81 / Num. unique obs: 2990 / CC1/2: 0.956 / CC star: 0.989 / Rpim(I) all: 0.1429 / Rrim(I) all: 0.2021 / % possible all: 99.27 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4OLA 解像度: 2.5→39.2 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 156.29 Å2 / Biso mean: 67.3405 Å2 / Biso min: 23.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→39.2 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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