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- PDB-8ciw: Methylsuccinyl-CoA dehydrogenase from Pseudomonas migulae with bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ciw
タイトルMethylsuccinyl-CoA dehydrogenase from Pseudomonas migulae with bound FAD and (2S)-methylsuccinyl-CoA
要素(2S)-methylsuccinyl-CoA dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FAD / dehydrogenase (脱水素酵素) / methylsuccinyl-CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily ...Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
補酵素A / フラビンアデニンジヌクレオチド / クエン酸 / (2S)-Methylsuccinyl-CoA / (2S)-methylsuccinyl-CoA dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas migulae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Zarzycki, J. / McLean, R. / Erb, T.J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Exploring alternative pathways for the in vitro establishment of the HOPAC cycle for synthetic CO 2 fixation.
著者: McLean, R. / Schwander, T. / Diehl, C. / Cortina, N.S. / Paczia, N. / Zarzycki, J. / Erb, T.J.
履歴
登録2023年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (2S)-methylsuccinyl-CoA dehydrogenase
B: (2S)-methylsuccinyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,25610
ポリマ－119,4012
非ポリマー4,8568
水10,215567
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11180 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area38180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.805, 169.563, 118.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-882-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 (2S)-methylsuccinyl-CoA dehydrogenase


分子量: 59700.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas migulae (バクテリア)
遺伝子: SAMN04490194_2123 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1H5ILA2

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非ポリマー , 6種, 575分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZKK / (2S)-Methylsuccinyl-CoA / (3S)-4-[2-[3-[[(2R)-4-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]-3-methyl-4-oxidanylidene-butanoic acid


分子量: 881.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H42N7O19P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.17 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Enzyme (20 mg/mL) in 25 mM MOPS pH 7.5 and 0.2 M NaCl was mixed in a 1:1 ratio with crystallization condition (0.2 M ammonium citrate pH 5.0, 20% (w/v) PEG 3350). Soaking and cryoprotection ...詳細: Enzyme (20 mg/mL) in 25 mM MOPS pH 7.5 and 0.2 M NaCl was mixed in a 1:1 ratio with crystallization condition (0.2 M ammonium citrate pH 5.0, 20% (w/v) PEG 3350). Soaking and cryoprotection of crystals was performed by adding methylsuccinyl-CoA and PEG200 to final concentrations of 16 mM and 40% (v/v), respectively, before crystals were plunge frozen in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→25.01 Å / Num. obs: 105292 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 1387714
反射 シェル解像度: 1.93→2.03 Å / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 12.7 % / Num. measured all: 191262 / Num. unique obs: 15053 / CC1/2: 0.892 / Rpim(I) all: 0.337 / Rrim(I) all: 1.213 / Net I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.20.1精密化
XDS20190315データ削減
PHENIX1.20.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→25.01 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.97 / 位相誤差: 22.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2027 1997 1.9 %
Rwork0.1739 --
obs0.1744 105172 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→25.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8632 0 26 567 9225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098805
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96711943
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6433182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.980.31331370.28457083X-RAY DIFFRACTION97
1.98-2.030.26491410.2477320X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.090.2181410.20777312X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.160.2551430.19697355X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.230.22691410.18327292X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.320.23031420.17187325X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.430.21081430.16737367X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.560.19891430.16287368X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.720.18921410.16687343X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.930.20521430.17217387X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.220.21211440.18167424X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.690.21440.17437428X-RAY DIFFRACTION100
3.69-4.640.15541450.15147487X-RAY DIFFRACTION100
4.64-25.010.20551490.16637684X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.1781 Å / Origin y: 39.9869 Å / Origin z: 69.9577 Å
111213212223313233
T0.424 Å2-0.0021 Å20.002 Å2-0.2496 Å2-0.013 Å2--0.1663 Å2
L0.5056 °2-0.0637 °2-0.0013 °2-0.4569 °2-0.0616 °2--0.8365 °2
S-0.0165 Å °0.0329 Å °0.0028 Å °-0.0064 Å °0.0014 Å °0.0492 Å °-0.0756 Å °-0.1355 Å °0.0142 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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