PDB-8chk: Human FKBP12 in complex with (1S,5S,6R)-10-((S)-(3,5-dichlorophen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8chk

タイトル

Human FKBP12 in complex with (1S,5S,6R)-10-((S)-(3,5-dichlorophenyl)sulfonimidoyl)-3-(pyridin-2-ylmethyl)-5-vinyl-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) /

FKBP12 / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

macrolide binding /

activin receptor binding / cytoplasmic side of membrane / signaling receptor inhibitor activity /

transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation /

terminal cisterna ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Meyners, C. / Purder, P.L. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Deconstructing Protein Binding of Sulfonamides and Sulfonamide Analogues.
著者: Purder, P.L. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Kolos, J. / Lohr, F. / Gebel, J. / Nehls, T. / Dotsch, V. / Lermyte, F. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8chk.cif.gz	341.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8chk.ent.gz	213.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8chk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8chiC 8chjC 8chlC 8chmC 8chnC 8chpC 8chqC 8chrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

37.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.874, 53.416, 124.974
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 107 / Label seq-ID: 1 - 107

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding ...PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / FKBP-1A / Immunophilin FKBP12 / Rotamase 分子量: 11832.496 Da / 分子数: 3 / 変異: C22V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A, FKBP1, FKBP12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942, プロリルイソメラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-UUI / (1S,5S,6R)-10-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonimidoyl]-5-ethenyl-3-(pyridin-2-ylmethyl)-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one 分子量: 479.423 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄Cl₂N₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.32M Na-K tartrate, 0.2 M ammonium citrate, 0.1M MES pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→49.166 Å / Num. obs: 44140 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.48-49.12	5.5	0.022	340	0.999	0.014	0.026
1.55-1.58	5.2	1.501	1971	0.345	0.978	1.801

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→49.166 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 5.45 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2328	2206	5.006 %
R_work	0.1967	41864	-
all	0.198	-	-
obs	-	44070	98.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.89 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.328 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.562 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→49.166 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2473	0	117	279	2869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	2676
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.731	1.71	3635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.789	1.622	5780
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.368	5	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.959	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.917	10	425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.821	10	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.498	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	601
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	205
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.152	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.254	1.346	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.253	1.346	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.717	2.412	1618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.717	2.412	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.25	1.631	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.251	1.63	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.421	2.881	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.42	2.881	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.882	16.856	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.789	15.422	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.12	0.05	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.133	0.05	3039
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.129	0.05	3035

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11952	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11952	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13326	0.05007
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13326	0.05007
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12912	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12912	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.318	150	0.342	2891	0.341	3209	0.919	0.901	94.7647	0.339
1.59-1.633	0.347	184	0.326	2886	0.327	3164	0.891	0.902	97.0291	0.318
1.633-1.681	0.301	157	0.309	2848	0.308	3078	0.906	0.912	97.6283	0.299
1.681-1.732	0.308	138	0.278	2869	0.279	3014	0.921	0.933	99.7678	0.261
1.732-1.789	0.322	152	0.264	2759	0.267	2912	0.912	0.941	99.9657	0.248
1.789-1.852	0.307	139	0.243	2635	0.246	2776	0.931	0.953	99.928	0.223
1.852-1.921	0.247	130	0.221	2567	0.222	2701	0.95	0.963	99.8519	0.198
1.921-2	0.227	137	0.203	2455	0.205	2630	0.958	0.969	98.5551	0.182
2-2.089	0.214	125	0.184	2374	0.185	2505	0.969	0.977	99.7605	0.163
2.089-2.19	0.232	125	0.178	2287	0.18	2414	0.962	0.977	99.9172	0.159
2.19-2.308	0.222	122	0.181	2174	0.183	2301	0.968	0.977	99.7827	0.163
2.308-2.448	0.25	101	0.17	2079	0.174	2181	0.965	0.981	99.9542	0.152
2.448-2.617	0.225	100	0.195	1950	0.196	2055	0.97	0.979	99.7567	0.178
2.617-2.826	0.274	90	0.217	1824	0.22	1934	0.959	0.974	98.9659	0.195
2.826-3.094	0.229	82	0.197	1672	0.198	1755	0.968	0.975	99.943	0.181
3.094-3.458	0.21	77	0.175	1545	0.177	1622	0.972	0.98	100	0.169
3.458-3.99	0.177	65	0.147	1379	0.148	1446	0.984	0.987	99.8617	0.146
3.99-4.878	0.155	65	0.126	1169	0.128	1236	0.987	0.99	99.8382	0.129
4.878-6.865	0.198	43	0.154	930	0.156	983	0.979	0.986	98.9827	0.158
6.865-49.166	0.225	24	0.217	571	0.217	598	0.98	0.966	99.4983	0.224

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2813	0.0195	0.0435	1.5057	-1.2045	2.1456	0.0183	-0.0185	0.0129	-0.0987	-0.0078	0.0519	0.0033	-0.0333	-0.0106	0.0155	0.0004	0.0024	0.0031	-0.0059	0.0238	-3.9164	-10.2809	14.3469
2	1	0.0756	0.1212	2.0365	-0.5416	1.8225	0.0451	0.0575	-0.0103	-0.1318	-0.0337	-0.0512	0.1544	0.1414	-0.0114	0.0294	0.0268	-0.0024	0.03	-0.0073	0.0085	12.668	-31.6954	11.1793
3	3.2233	-0.2145	-0.8574	0.535	0.0621	0.8041	0.005	0.0648	0.0553	0.0025	-0.0196	0.0046	-0.0447	-0.0493	0.0146	0.0245	-0.0064	-0.0072	0.0072	0.0008	0.0072	17.2145	-13.2233	36.1972

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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