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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8chh | |||||||||
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タイトル | SH3 domain solved by the exact solid-state method from the Bruker Dynamics Center using the correction method for spin-diffusion with PDB 2NUZ as reference | |||||||||
要素 | Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1 | |||||||||
キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / solid-state NMR spectroscopy / structure elucidation / integrated structural biology / protein dynamics | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / 細胞結合 / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||
手法 | 個体NMR / simulated annealing | |||||||||
データ登録者 | Soeldner, B. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: J Phys Chem Lett / 年: 2023 タイトル: Integrated Assessment of the Structure and Dynamics of Solid Proteins. 著者: Soldner, B. / Grohe, K. / Neidig, P. / Auch, J. / Blach, S. / Klein, A. / Vasa, S.K. / Schafer, L.V. / Linser, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8chh.cif.gz | 221.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8chh.ent.gz | 188.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8chh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8cf4C 8chgC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7229.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SPTAN1, SPTA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P07751 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 個体NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solid 内容: 1 na [U-100% 13C; U-100% 15N] SH3 of chicken alpha-spectrin, 100% H2O Label: 1H_13C_15N_labeled_SH3 / 溶媒系: 100% H2O |
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試料 | 濃度: 1 na / 構成要素: SH3 of chicken alpha-spectrin / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N] |
試料状態 | イオン強度: 0 M / Label: 1H_13C_15N_labeled_SH3 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Water refinement of the 10 lowest energy structures | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |