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万見
- PDB-8cdp: Cryo-EM structure of the RESC1-RESC2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cdp
タイトルCryo-EM structure of the RESC1-RESC2 complex
要素
  • Guide_RNA_associated_protein_-_putative
  • Mitochondrial guide RNA binding complex subunit 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RESC / RNA editing (RNAエディティング) / cryo-EM structure / Trypanosoma brucei (ブルーストリパノソーマ)
機能・相同性mitochondrial mRNA processing / mitochondrial mRNA editing complex / mRNA modification / mitochondrial RNA processing / キネトプラスト / mRNA binding / ミトコンドリア / Guide RNA associated protein, GAP2 / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Dolce, L.G. / Weis, F. / Kowalinski, E.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE11-0016 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structural basis for guide RNA selection by the RESC1-RESC2 complex.
著者: Luciano G Dolce / Yevheniia Nesterenko / Leon Walther / Félix Weis / Eva Kowalinski /
要旨: Kinetoplastid parasites, such as trypanosomes or leishmania, rely on RNA-templated RNA editing to mature mitochondrial cryptic pre-mRNAs into functional protein-coding transcripts. Processive pan- ...Kinetoplastid parasites, such as trypanosomes or leishmania, rely on RNA-templated RNA editing to mature mitochondrial cryptic pre-mRNAs into functional protein-coding transcripts. Processive pan-editing of multiple editing blocks within a single transcript is dependent on the 20-subunit RNA editing substrate binding complex (RESC) that serves as a platform to orchestrate the interactions between pre-mRNA, guide RNAs (gRNAs), the catalytic RNA editing complex (RECC), and a set of RNA helicases. Due to the lack of molecular structures and biochemical studies with purified components, neither the spacio-temporal interplay of these factors nor the selection mechanism for the different RNA components is understood. Here we report the cryo-EM structure of Trypanosoma brucei RESC1-RESC2, a central hub module of the RESC complex. The structure reveals that RESC1 and RESC2 form an obligatory domain-swapped dimer. Although the tertiary structures of both subunits closely resemble each other, only RESC2 selectively binds 5'-triphosphate-nucleosides, a defining characteristic of gRNAs. We therefore propose RESC2 as the protective 5'-end binding site for gRNAs within the RESC complex. Overall, our structure provides a starting point for the study of the assembly and function of larger RNA-bound kinetoplast RNA editing modules and might aid in the design of anti-parasite drugs.
履歴
登録2023年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guide_RNA_associated_protein_-_putative
B: Mitochondrial guide RNA binding complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,9352
ポリマ－104,9352
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Guide_RNA_associated_protein_-_putative


分子量: 52724.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
遺伝子: Tb07.22O10.680, Tb927.7.2570 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q57XL7
#2: タンパク質 Mitochondrial guide RNA binding complex subunit 2


分子量: 52210.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
遺伝子: 28H13.250, Tb927.2.3800 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q586X1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RESC1-RESC2 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.07 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 63 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Warp粒子像選択
4RELIONCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 447858 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0035305
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.577189
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.926717
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042804
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004928

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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