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- PDB-8cdb: Proulilysin E229A structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cdb
タイトルProulilysin E229A structure
要素Ulilysin
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Zymogen (酵素前駆体) / protease (プロテアーゼ) / metalloprotease (金属プロテアーゼ) / metzincin
機能・相同性Peptidase M43, pregnancy-associated plasma-A / パパリシン-1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / metallopeptidase activity / タンパク質分解 / metal ion binding / Ulilysin
機能・相同性情報
生物種Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Rodriguez-Banqueri, A. / Eckhard, U. / Gomis-Ruth, F.X.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN) スペイン
引用ジャーナル: Dalton Trans / 年: 2023
タイトル: Structural insights into latency of the metallopeptidase ulilysin (lysargiNase) and its unexpected inhibition by a sulfonyl-fluoride inhibitor of serine peptidases.
著者: Rodriguez-Banqueri, A. / Moliner-Culubret, M. / Mendes, S.R. / Guevara, T. / Eckhard, U. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2023年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ulilysin
B: Ulilysin
C: Ulilysin
D: Ulilysin
E: Ulilysin
F: Ulilysin
G: Ulilysin
H: Ulilysin
I: Ulilysin
J: Ulilysin
K: Ulilysin
L: Ulilysin
M: Ulilysin
N: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)565,07242
ポリマ－563,59514
非ポリマー1,47728
水0
1
A: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
ポリマ－40,2571
非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
ポリマ－40,2571
非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
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3
C: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
ポリマ－40,2571
非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
ポリマ－40,2571
非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
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5
E: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
ポリマ－40,2571
非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
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非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
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7
G: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
ポリマ－40,2571
非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
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8
H: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
ポリマ－40,2571
非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
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9
I: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
ポリマ－40,2571
非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
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10
J: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
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非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
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11
K: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
ポリマ－40,2571
非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
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12
L: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
ポリマ－40,2571
非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
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13
M: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
ポリマ－40,2571
非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
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14
N: Ulilysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3623
ポリマ－40,2571
非ポリマー1052
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)192.100, 544.400, 185.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
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d_7ens_1chain "G"
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d_13ens_1chain "M"
d_14ens_1chain "N"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROARGA1 - 306
d_12ens_1ZNZNO - P
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d_42ens_1ZNZNU - V
d_51ens_1PROARGE1 - 306
d_52ens_1ZNZNW - X
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NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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3given(0.602472473943, -0.0184782735348, -0.797925730597), (-0.0111121508075, -0.999829261734, 0.014763721919), (-0.798062302233, -2.80650175682E-5, -0.602574942199)121.350817766, 466.29022081, 235.149239183
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5given(0.204261201425, -0.00976952523064, -0.978867671327), (0.000782626635973, -0.999948249851, 0.010143229983), (-0.978916109321, -0.00283795625533, -0.204242984987)178.687925173, 426.703897929, 218.263957641
6given(0.235201371123, 0.00986509301998, 0.971896596846), (0.0149848162414, 0.999792836213, -0.013774612134), (-0.971831142897, 0.0178034995699, 0.23500481931)-10.9582422235, -116.865405108, 171.197279395
7given(-0.235785380807, -0.00871333512097, -0.971766089133), (0.00192654685716, -0.9999620295, 0.00849870434797), (-0.971803242748, 0.000131717336131, 0.235793214566)225.143529503, 387.808371977, 175.608434561
8given(-0.206883377539, 0.0110018042797, 0.978303750581), (0.00858682021316, 0.999918676805, -0.00942901343714), (-0.978327927955, 0.00644981227336, -0.206961023637)35.7242392311, -155.515410975, 215.473090331
9given(-0.63159616893, -0.00635212109971, -0.775271520147), (0.000629465807806, -0.999970307481, 0.00768035990208), (-0.775297286959, 0.00436287897646, 0.631581413692)248.843739545, 349.151114841, 116.285538401
10given(-0.606381077841, 0.00845286855443, 0.795129258328), (0.0029489360259, 0.999960526549, -0.00838147485438), (-0.795168719337, -0.00273758244097, -0.606382068856)96.5181367091, -193.950454619, 235.029610759
11given(-0.904082159113, 0.00211891152654, -0.427353436615), (-0.00596833474141, -0.999952787338, 0.00766825112769), (-0.427317011776, 0.00948331739875, 0.904052121361)243.805765461, 310.962070149, 51.9788209056
12given(-0.891663375982, 0.00458759546259, 0.452675797786), (-0.00190434111946, 0.999901792279, -0.0138844978849), (-0.452695037987, -0.0132423473933, -0.891567071407)160.335483416, -231.78166354, 227.446937282
13given(-0.999872117776, 0.0158413671435, 0.00219070337237), (-0.0158054181982, -0.999754096883, 0.0155542444761), (0.00243656516897, 0.0155176303818, 0.999876625538)211.058939773, 272.312966215, -4.6535881978

-
要素

#1: タンパク質
Ulilysin


分子量: 40256.789 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌)
遺伝子: MA_3214 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8TL28, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.5, 1 M diammonium hydrogen phosphate, 10 mM AEBSF

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→94.72 Å / Num. obs: 57826 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 121.7 Å2 / Rrim(I) all: 0.314 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 4.5→4.5 Å / Num. unique obs: 57250 / Rrim(I) all: 0.314

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.5→94.72 Å / SU ML: 0.582 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.9171
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3021 842 1.47 %
Rwork0.2894 56408 -
obs0.2896 57250 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 171.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→94.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33586 0 28 0 33614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007534398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.875346760
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04945054
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.563812460
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
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ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0253077574865
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0285051688296
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0301866073469
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0281477605496
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ens_1d_9AX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0251040409901
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ens_1d_12AX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0257449392682
ens_1d_13AX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0265615560377
ens_1d_14AX-RAY DIFFRACTIONcartesian NCS0.0272488553568
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.5-4.780.36619376X-RAY DIFFRACTION98.01
4.78-5.150.34959462X-RAY DIFFRACTION98.64
5.15-5.670.38513200.33949133X-RAY DIFFRACTION98.48
5.67-6.490.35242280.31049312X-RAY DIFFRACTION99.29
6.49-8.180.28031440.27539518X-RAY DIFFRACTION99.5
8.18-94.720.22541500.22339607X-RAY DIFFRACTION97.52
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ
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2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )A401 - 402
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )B18 - 323
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5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )C18 - 323
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7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )D18 - 323
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )D401 - 402
9X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )E18 - 323
10X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )E401 - 402
11X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )F18 - 323
12X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )F401 - 402
13X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN G AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )G18 - 323
14X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN G AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )G401 - 402
15X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )H18 - 323
16X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )H401 - 402
17X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN I AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )I18 - 323
18X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN I AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )I401 - 402
19X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN J AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )J18 - 323
20X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN J AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )J401 - 402
21X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN K AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )K18 - 323
22X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN K AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )K401 - 402
23X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN L AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )L18 - 323
24X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN L AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )L401 - 402
25X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN M AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )M18 - 323
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28X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN N AND ( RESID 18:323 OR RESID 401:402 ) )N401 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る