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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cag | ||||||
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タイトル | Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase from E. coli | ||||||
要素 | Hypoxanthine phosphoribosyltransferaseヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ / GMP salvage / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / guanosine tetraphosphate binding / protein homotetramerization ...guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ / GMP salvage / guanine phosphoribosyltransferase activity / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / guanosine tetraphosphate binding / protein homotetramerization / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Timofeev, V.I. / Shevtsov, M.B. / Abramchik, Y.A. / Kostromina, M.A. / Zayats, E.A. / Kuranova, I.P. / Esipov, R.S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase from E. coli 著者: Timofeev, V.I. / Shevtsov, M.B. / Abramchik, Y.A. / Kostromina, M.A. / Zayats, E.A. / Kuranova, I.P. / Esipov, R.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cag.cif.gz | 76.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cag.ent.gz | 58.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cag.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/8cag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/8cag | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19897.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hpt, b0125, JW5009 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A9M2, ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 27430 / % possible obs: 98.81 % / 冗長度: 2.97 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Net I/σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / Num. unique obs: 3993 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→29.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 9.56 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.077 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→29.74 Å
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拘束条件 |
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