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- PDB-8c7r: Crystal structure of rat autotaxin and compound MEY-003 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c7r
タイトルCrystal structure of rat autotaxin and compound MEY-003
要素Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Inhibitor / co-crystal (共結晶) / ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase (ENPP)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity ...response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of focal adhesion assembly / estrous cycle / phospholipid metabolic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / cellular response to cadmium ion / cell chemotaxis / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / nucleic acid binding / 免疫応答 / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A ...Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
7alpha-hydroxycholesterol / IODIDE ION / Chem-T8R / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Eymery, M.C. / McCarthy, A.A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
引用
ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of potent chromone-based autotaxin inhibitors inspired by cannabinoids.
著者: Eymery, M.C. / Nguyen, K.A. / Basu, S. / Hausmann, J. / Tran-Nguyen, V.K. / Seidel, H.P. / Gutierrez, L. / Boumendjel, A. / McCarthy, A.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2023年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,73512
ポリマ－98,8261
非ポリマー1,90911
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area31830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.529, 61.843, 63.850
Angle α, β, γ (deg.)104.010, 98.430, 93.270
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 / E-NPP 2 / Autotaxin / Extracellular lysophospholipase D / LysoPLD


分子量: 98826.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Atx, Npps2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 104分子

#3: 化合物 ChemComp-T8R / 5,7-bis(oxidanyl)-2-(1-pentylindol-3-yl)chromen-4-one


分子量: 363.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-5JK / 7alpha-hydroxycholesterol / (3beta,7alpha,9beta,14beta)-cholest-5-ene-3,7-diol / 7α-ヒドロキシコレステロ-ル / 7α-ヒドロキシコレステロール


分子量: 402.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O2
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18-22% (m/v) PEG3350, 0.1-0.3 M NH4I and 0.1-0.3 M NaSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月20日
詳細: Be 1D CRL (vertical) and Rh Elliptical mirror (horizontal) focusing
放射モノクロメーター: Si111 channel cut mono / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→43.64 Å / Num. obs: 25651 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 36.73 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.53→2.573 Å / Num. unique obs: 1302 / CC1/2: 0.852

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210323データ削減
AimlessVersion 0.7.7データスケーリング
PHASERversion 2.1.2位相決定
autoPROC1.1.7 (20210420)data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.53→43.64 Å / SU ML: 0.3125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 26.8084
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 2004 7.81 %
Rwork0.2049 23644 -
obs0.2088 25648 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→43.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6262 0 92 94 6448
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00686530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90728867
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0505934
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011144
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8819890
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.53-2.590.30641530.26151672X-RAY DIFFRACTION97.96
2.59-2.660.34261380.24121700X-RAY DIFFRACTION97.56
2.66-2.740.29271410.24181663X-RAY DIFFRACTION97.78
2.74-2.830.30331470.23751698X-RAY DIFFRACTION98.3
2.83-2.930.31471440.23571671X-RAY DIFFRACTION98.37
2.93-3.050.31371390.2421692X-RAY DIFFRACTION98.28
3.05-3.190.3181430.25091716X-RAY DIFFRACTION98.26
3.19-3.360.28571440.22881706X-RAY DIFFRACTION98.93
3.36-3.570.22061400.21441660X-RAY DIFFRACTION96.93
3.57-3.840.28131440.18811706X-RAY DIFFRACTION98.93
3.84-4.230.21751430.17691692X-RAY DIFFRACTION98.76
4.23-4.840.19581400.16321711X-RAY DIFFRACTION98.88
4.84-6.090.20471440.18931668X-RAY DIFFRACTION97.73
6.09-43.640.2251440.18481689X-RAY DIFFRACTION98.07
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.1388886984 Å / Origin y: 14.4483001578 Å / Origin z: -9.62965685416 Å
111213212223313233
T0.105322859899 Å2-0.00955223792139 Å20.0294905116473 Å2-0.103846432535 Å20.00267100919534 Å2--0.114710155091 Å2
L0.515275957472 °20.0718618300792 °20.23906793229 °2-0.391733482538 °20.0790297615321 °2--0.551897839112 °2
S-0.00493356894613 Å °0.0355098718481 Å °0.01411653126 Å °0.0182071412424 Å °0.00373249385205 Å °0.0264757992406 Å °-0.0549013552869 Å °-0.0162860175584 Å °-0.00204092013181 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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