[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8c65: Crystal structure of cutinase AdCut from Acidovorax delafieldii (... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8c65 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of cutinase AdCut from Acidovorax delafieldii (PBS depolymerase) | ||||||
Components | PBS(A) depolymerase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / cutinase / PET / PBS | ||||||
Function / homology | Dienelactone hydrolase / Dienelactone hydrolase family / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / PBS(A) depolymerase Function and homology information | ||||||
Biological species | Acidovorax delafieldii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.491 Å | ||||||
Authors | Zahn, M. / Clark, M. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Predictions of the substrate specificities of the plastic-degrading enzymes IsPETase and AdCut Authors: Clark, M. / Zahn, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8c65.cif.gz | 273.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8c65.ent.gz | 166.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8c65.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/8c65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/8c65 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 42 - 304 / Label seq-ID: 1 - 263
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 29378.479 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acidovorax delafieldii (bacteria) / Gene: pbsA / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8RR62 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40.08 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20 % PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate dibasic |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 22, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.491→54.626 Å / Num. obs: 39403 / % possible obs: 78.1 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 7.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.491→1.594 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.262 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1971 / CC1/2: 0.529 / Rpim(I) all: 0.508 / % possible all: 65.5 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.491→54.626 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.252 / SU ML: 0.079 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.14 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 10.792 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.491→54.626 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection: ALL |