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万見
- PDB-8c56: CpG specific M.MpeI methyltransferase crystallized in the presenc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c56
タイトルCpG specific M.MpeI methyltransferase crystallized in the presence of 2'-deoxy-5-methylzebularine (5mZ) and 5-methylcytosine containing dsDNA
要素
  • Cytosine-specific methyltransferase
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*AP*TP*GP*(5PY)P*GP*CP*TP*GP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*GP*(5CM)P*GP*CP*AP*TP*GP*TP*G)-3')
キーワードTRANSFERASE / M.MpeI / DNA methyltransferase / DNA / 5-methylcytosine / 5-methyl-zebularine / 5mZ / 5mZeb / 5mC / CpG
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / methylation
類似検索 - 分子機能
: / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / Cytosine-specific methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Malacoplasma penetrans HF-2 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wojciechowski, M. / Czapinska, H. / Krwawicz, J. / Rafalski, D. / Bochtler, M.
資金援助 ポーランド, European Union, 8件
組織認可番号国
Foundation for Polish ScienceTEAM/2010-6/1 ポーランド
European Union (EU)TEAM/2010-6/1European Union
Foundation for Polish SciencePOIR.04.04.00-00-31DF/17-00 ポーランド
European Union (EU)POIR.04.04.00-00-31DF/17-00European Union
Polish National Science CentreUMO-2014/13/B/NZ1/03991 ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2014/14/M/NZ5/00558 ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2018/30/Q/NZ2/00669 ポーランド
European Union (EU)POIG.02.02.00-14-024/08-00European Union
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Cytosine analogues as DNA methyltransferase substrates.
著者: Wojciechowski, M. / Czapinska, H. / Krwawicz, J. / Rafalski, D. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2013
タイトル: CpG underrepresentation and the bacterial CpG-specific DNA methyltransferase M.MpeI.
著者: Wojciechowski, M. / Czapinska, H. / Bochtler, M.
#2: ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Structure-based mechanistic insights into DNMT1-mediated maintenance DNA methylation.
著者: Song, J. / Teplova, M. / Ishibe-Murakami, S. / Patel, D.J.
履歴
登録2023年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosine-specific methyltransferase
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*AP*TP*GP*(5PY)P*GP*CP*TP*GP*AP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*GP*(5CM)P*GP*CP*AP*TP*GP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3136
ポリマ－54,8143
非ポリマー4993
水7,422412
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.259, 84.259, 173.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-765-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytosine-specific methyltransferase


分子量: 46238.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Malacoplasma penetrans HF-2 (バクテリア)
株: HF-2 / 遺伝子: MYPE4940 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 2566 / 参照: UniProt: Q8EVR5

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*CP*AP*TP*GP*(5PY)P*GP*CP*TP*GP*AP*A)-3')


分子量: 4248.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*TP*CP*AP*GP*(5CM)P*GP*CP*AP*TP*GP*TP*G)-3')


分子量: 4325.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 415分子

#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.16 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10% PEG 3350, 150 mM NaCl, 50 mM sodium citrate (final pH, 5.6). For cryoprotection glycerol was added to 25% v/v

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 25251 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 53.298 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.121 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 16.89
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 3914 / CC1/2: 0.703 / Rrim(I) all: 1.277 / Rsym value: 1.203 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DKJ

4dkj


解像度: 2.4→19.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 20.142 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES : WITH TLS ADDED. IONS AND SOLVENT MOLECULES HAVE BEEN MODELLED TENTATIVELY. S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE (SAH) HAS BEEN MODELLED IN ...詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES : WITH TLS ADDED. IONS AND SOLVENT MOLECULES HAVE BEEN MODELLED TENTATIVELY. S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE (SAH) HAS BEEN MODELLED IN THE CO-SUBSTRATE BINDING POCKET BUT ONLY PARTS OF THE MOLECULE CORRESPONDING TO ITS BASE AND AMINO ACID END ARE RESOLVED IN THE ELECTRON DENSITY. THE CENTRAL PART OF THE CO-PRODUCT COULD NOT BE UNAMBIGUOUSLY TRACED, WHICH MAY BE DUE TO THE DECOMPOSITION OF THE CO-SUBSTRATE S-ADENOSYLMETHIONINE (SAM) USED FOR CRYSTALLIZATION TO HOMOSERINE LACTONE (HSL) AND METHYLTHIOADENOSINE (MTA). THE DISTANCE BETWEEN THE CATALYTIC CYSTEINE (CYS135) OF THE PROTEIN AND THE C6 ATOM OF THE SUBSTRATE BASE IS BETWEEN A COVALENT AND NON-COVALENT BOND AND HAS NOT BEEN CONSTRAINED DURING THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21625 1253 5 %RANDOM
Rwork0.17326 ---
obs0.17535 23997 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.58 Å2-0 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3199 569 33 412 4213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0184220
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0061.8465831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79538788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5235443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.75525.429175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.34615713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3941514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02979
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6463.0841697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6433.0841696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1874.622165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1874.6222166
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.523.1312523
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.523.1312523
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.9514.6673667
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.7735.3095377
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.27934.6125193
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 94 -
Rwork0.316 1644 -
obs--97.64 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.692 Å / Origin y: 22.214 Å / Origin z: 46.14 Å
111213212223313233
T0.1308 Å2-0.0402 Å2-0.0048 Å2-0.2595 Å20.0382 Å2--0.007 Å2
L0.984 °21.0124 °20.1 °2-2.2783 °20.2051 °2--1.1521 °2
S0.0811 Å °-0.1767 Å °-0.0331 Å °-0.0025 Å °-0.0724 Å °0.0073 Å °0.0033 Å °0.1247 Å °-0.0086 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 393
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 14
3X-RAY DIFFRACTION1C1 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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