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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c3z | ||||||
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タイトル | 14-3-3sigma bound to strep-tagged PKA-responsive ERa phosphopeptide | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 (14-3-3タンパク質) / hub-protein / ERa F-domain phosphopeptide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein kinase A signaling / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Somsen, B.A. / Ottmann, C. | ||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: Molecular basis and dual ligand regulation of tetrameric estrogen receptor alpha /14-3-3 zeta protein complex. 著者: Somsen, B.A. / Sijbesma, E. / Leysen, S. / Honzejkova, K. / Visser, E.J. / Cossar, P.J. / Obsil, T. / Brunsveld, L. / Ottmann, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8c3z.cif.gz | 73.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c3z.ent.gz | 52.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8c3z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/8c3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/8c3z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8c40C 8c42C 8c43C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: GAMGS at the beginning (-5 to -1) are part of the expression tag 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947 | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2080.199 Da / 分子数: 1 / Mutation: F591R; P592R / 由来タイプ: 合成 詳細: This peptide is based on ERa residues 588-595 however with a C-terminal strep tag (PWSHQFEK) and two point mutations (F591R; P592R) 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.62 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.095 M Hepes pH 7.1, 0.19 M CaCl2, 25% PEG400, 5% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→45.47 Å / Num. obs: 57074 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2773 / CC1/2: 0.798 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→45.47 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→45.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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