PDB-8c3x: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c3x

タイトル

Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase

要素

Alginate lyase

キーワード

LYASE (リアーゼ) / Alginate lyase / beta-jelly roll

機能・相同性

Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily /

lyase activity / Alginate lyase

機能・相同性情報

生物種

Paradendryphiella salina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.82 Å

データ登録者

Fredslund, F. / Welner, D.W. / Wilkens, C.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase
著者: Fredslund, F. / Welner, D.W. / Wilkens, C.

履歴

登録	2022年12月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c3x.cif.gz	149.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c3x.ent.gz	99.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c3x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/8c3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/8c3x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bjrC 6ywf C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase

ヘテロ分子

25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.210, 59.800, 90.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Alginate lyase 分子量: 25544.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7C / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A7I9C8Z1
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG3350; 0.1M Bis-Tris pH 5.5; 0.5M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.6888 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6888 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.82→37.47 Å / Num. obs: 421544 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 8.66 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 0.91
反射シェル	解像度: 0.82→0.85 Å / Num. unique obs: 21492 / CC_1/2: 0.29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX	dev_4788	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.82→37.47 Å / SU ML: 0.0787 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.9202
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1414	3884	0.92 %
R_work	0.1299	417660	-
obs	0.13	421544	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.82→37.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1758	0	4	411	2173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	2068
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0505	2846
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0974	307
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	389
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1573	751

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
0.82-0.83	0.3342	129	0.3278	13704	X-RAY DIFFRACTION	91.94
0.83-0.84	0.3284	139	0.3012	14905	X-RAY DIFFRACTION	99.27
0.84-0.85	0.2629	139	0.2865	14898	X-RAY DIFFRACTION	99.86
0.85-0.86	0.2515	142	0.2707	14971	X-RAY DIFFRACTION	99.93
0.86-0.87	0.2712	134	0.2465	14996	X-RAY DIFFRACTION	99.97
0.87-0.89	0.253	140	0.2358	14939	X-RAY DIFFRACTION	99.94
0.89-0.9	0.2362	139	0.2164	14946	X-RAY DIFFRACTION	99.97
0.9-0.92	0.1998	139	0.196	15026	X-RAY DIFFRACTION	99.97
0.92-0.93	0.1591	138	0.1777	14957	X-RAY DIFFRACTION	99.96
0.93-0.95	0.1673	140	0.1662	14941	X-RAY DIFFRACTION	99.99
0.95-0.97	0.1682	138	0.1486	14945	X-RAY DIFFRACTION	99.95
0.97-0.99	0.1342	143	0.133	14929	X-RAY DIFFRACTION	99.96
0.99-1.01	0.1333	140	0.1218	15036	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.01-1.03	0.1146	137	0.1071	14975	X-RAY DIFFRACTION	100
1.03-1.06	0.0965	141	0.1	14895	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.06-1.09	0.1227	140	0.0926	15078	X-RAY DIFFRACTION	100
1.09-1.12	0.1001	140	0.0869	14917	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.12-1.15	0.074	137	0.0824	14957	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.15-1.2	0.0905	139	0.0868	14951	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.2-1.24	0.1059	139	0.0914	15031	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.24-1.3	0.1118	139	0.0991	14906	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.3-1.37	0.1133	140	0.105	14984	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.37-1.45	0.1123	138	0.1112	14973	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.57	0.1144	142	0.1111	14951	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.72	0.1623	136	0.128	14994	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.72-1.97	0.127	140	0.1361	14926	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.97-2.49	0.1413	137	0.1383	14977	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.49-37.47	0.1642	139	0.135	14952	X-RAY DIFFRACTION	99.83

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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