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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c3c | ||||||
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タイトル | 14-3-3 sigma with Pin1 binding site pS72 and bound Fusicoccin A | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 sigma / Pin1 / stabilizer / Fusicoccin A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / postsynaptic cytosol / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of SMAD protein signal transduction ...cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / postsynaptic cytosol / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of amyloid-beta formation / cytoskeletal motor activity / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein peptidyl-prolyl isomerization / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein kinase A signaling / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of protein dephosphorylation / RHO GTPases activate PKNs / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / ciliary basal body / negative regulation of protein binding / regulation of cytokinesis / プロリルイソメラーゼ / stem cell proliferation / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TP53 Regulates Metabolic Genes / synapse organization / phosphoprotein binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / regulation of protein phosphorylation / negative regulation of protein kinase activity / regulation of protein stability / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / tau protein binding / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of protein catabolic process / neuron differentiation / ISG15 antiviral mechanism / beta-catenin binding / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of protein binding / midbody / positive regulation of cell growth / 遺伝子発現の調節 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / response to hypoxia / protein stabilization / regulation of cell cycle / nuclear speck / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / 細胞周期 / glutamatergic synapse / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Verhoef, C.J. / Cossar, P. | ||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023 タイトル: Tracking the mechanism of covalent molecular glue stabilization using native mass spectrometry. 著者: Verhoef, C.J.A. / Kay, D.F. / van Dijck, L. / Doveston, R.G. / Brunsveld, L. / Leney, A.C. / Cossar, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8c3c.cif.gz | 67.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c3c.ent.gz | 49.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8c3c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/8c3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/8c3c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8c2gC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26558.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2195.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13526, プロリルイソメラーゼ |
#3: 化合物 | ChemComp-FSC / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: HEPES, magnesium chloride, calcium chloride, 2-mercaptoethanol, PEG400, glycerol, DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972425 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.972425 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→66.51 Å / Num. obs: 73894 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 30.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Num. unique obs: 1879 / CC1/2: 0.987 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→34.54 Å / SU ML: 0.1442 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.3235 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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