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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c1f | ||||||
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タイトル | Aurora A kinase in complex with TPX2-inhibitor 6 | ||||||
要素 | Aurora kinase AオーロラAキナーゼ | ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / protein-ligand complex / kinase (キナーゼ) / protein-protein interaction inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / positive regulation of mitotic nuclear division / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / negative regulation of protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / spindle microtubule / regulation of protein stability / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / spindle / 動原体 / 紡錘体 / response to wounding / microtubule cytoskeleton / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / basolateral plasma membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.924 Å | ||||||
データ登録者 | Fischer, G. / Rocaboy, M. / Blaszczyk, B. / Moschetti, T. / Wang, X. / Scott, D.E. / Coyne, A.G. / Dagostin, C. / Rooney, T. / Bayly, A. ...Fischer, G. / Rocaboy, M. / Blaszczyk, B. / Moschetti, T. / Wang, X. / Scott, D.E. / Coyne, A.G. / Dagostin, C. / Rooney, T. / Bayly, A. / Feng, J. / Asteian, A. / Alcaide-Lopez, A. / Stockwell, S. / Skidmore, J. / Venkitaraman, A.R. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Hyvonen, M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Selective inhibitors of the Aurora A-TPX2 protein-protein interaction exhibit in vivo efficacy as targeted anti-mitotic agent 著者: Stockwell, S. / Scott, D. / Fischer, G. / Guarino Almeida, E. / Rooney, T. / Feng, J. / Moschetti, T. / Dagostin, C. / Alcaide-Lopez, A. / Rocaboy, M. / Srinivasan, R. / Asteian, A. / Alza, E. ...著者: Stockwell, S. / Scott, D. / Fischer, G. / Guarino Almeida, E. / Rooney, T. / Feng, J. / Moschetti, T. / Dagostin, C. / Alcaide-Lopez, A. / Rocaboy, M. / Srinivasan, R. / Asteian, A. / Alza, E. / Blaszczyk, B. / Wang, X. / Rossmann, M. / Perrior, T. / Blundell, T.L. / Spring, D.R. / McKenzie, G. / Abell, C. / Skidmore, J. / Venkitaraman, A. / Hyvonen, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8c1f.cif.gz | 76.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c1f.ent.gz | 54.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8c1f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/8c1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/8c1f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 30750.326 Da / 分子数: 1 / 断片: Aurora A kinase / 変異: C290A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-非ポリマー , 8種, 107分子
#2: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-T5L / ( | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 化合物 | ChemComp-DMS / | #8: 化合物 | ChemComp-T2O / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.06 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG5000 MME, 0.1M (NH4)2SO4, 0.1 M MES 6.5: soaking: 31.5% PEG5000 MME, 0.09M (NH4)2SO4, 0.09 M MES 6.5, 10% DMSO, 5 mM compound |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.924→65.259 Å / Num. obs: 24878 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 16.3 % / Biso Wilson estimate: 42.11 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 25.8 / Num. measured all: 405731 |
反射 シェル | 解像度: 1.924→1.931 Å / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 216 / CC1/2: 0.693 / Rpim(I) all: 0.409 / Rrim(I) all: 1.615 / % possible all: 83.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.924→65.259 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9431 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9389 / SU R Cruickshank DPI: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.162 / SU Rfree Blow DPI: 0.143 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.14
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原子変位パラメータ | Biso max: 159.9 Å2 / Biso mean: 49.07 Å2 / Biso min: 24.5 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.924→65.259 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.924→2 Å / Rfactor Rfree error: 0
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