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Yorodumi- PDB-8bzk: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bzk | ||||||
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Title | Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase with sulphate bound in the active site | ||||||
Components | Alginate lyase | ||||||
Keywords | LYASE / beta-jeely roll / alginate lyase | ||||||
Function / homology | Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase Function and homology information | ||||||
Biological species | Paradendryphiella salina (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45 Å | ||||||
Authors | Wilkens, C. | ||||||
Funding support | Denmark, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase with sulphate bound in the active site Authors: Wilkens, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bzk.cif.gz | 175.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8bzk.ent.gz | 114.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bzk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bzk | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25544.244 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Paradendryphiella salina (fungus) / Gene: PsAlg7C / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / References: UniProt: A0A7I9C8Z1 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.86 Å3/Da / Density % sol: 34 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.6 / Details: 0.1M NaOAc pH 4.6, 2M (NH4)2SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX IV / Beamline: BioMAX / Wavelength: 0.976 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: May 18, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→47.51 Å / Num. obs: 65393 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 15.78 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 7.76 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.54 Å / Num. unique obs: 10605 / CC1/2: 0.45 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45→35.19 Å / SU ML: 0.1395 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 18.0484 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→35.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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