+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bwk | ||||||
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Title | Metagenomic derived PL6 alginate lyase | ||||||
Components | Alginate lyase | ||||||
Keywords | LYASE / beta-helix / alginate lyase | ||||||
Function / homology | PL-6 family / Chondroitinase B / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / lyase activity / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Alginate lyase Function and homology information | ||||||
Biological species | uncultured bacterium (environmental samples) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.29 Å | ||||||
Authors | Angen, E.F. / Wilkens, C. | ||||||
Funding support | European Union, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Metagenomic derived PL6 alginate lyase Authors: Angen, E.F. / Wilkens, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bwk.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8bwk.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bwk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/8bwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/8bwk | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 80520.859 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) uncultured bacterium (environmental samples) Gene: AOG27_15850 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0P7DTY9 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.8 Details: 0.1 M Sodium citrate pH 5.8, 0.1 M (NH4)2SO4, 20% v/v Glycerol, and 16% w/v PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX IV / Beamline: BioMAX / Wavelength: 0.976 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 24, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.29→111.304 Å / Num. obs: 160343 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 38.06 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.29→2.33 Å / Num. unique obs: 6980 / CC1/2: 0.49 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.29→63.86 Å / SU ML: 0.2563 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.9493 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.29→63.86 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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