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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8buz | |||||||||
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タイトル | Structure of Adenylyl cyclase 8 bound to stimulatory G-protein, Ca2+/Calmodulin, Forskolin and MANT-GTP | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Adenylyl Cyclase (アデニル酸シクラーゼ) / cAMP signaling / G proteins (Gタンパク質) / Calmodulin (カルモジュリン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to morphine / Adenylate cyclase activating pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of long-term synaptic depression / glucose mediated signaling pathway / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / regulation of cellular response to stress / PKA activation / neuroinflammatory response / sensory perception of chemical stimulus ...cellular response to morphine / Adenylate cyclase activating pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of long-term synaptic depression / glucose mediated signaling pathway / calcium- and calmodulin-responsive adenylate cyclase activity / regulation of cellular response to stress / PKA activation / neuroinflammatory response / sensory perception of chemical stimulus / アデニル酸シクラーゼ / positive regulation of synaptic plasticity / mu-type opioid receptor binding / Hedgehog 'off' state / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / G alpha (z) signalling events / beta-2 adrenergic receptor binding / neuronal cell body membrane / presynaptic active zone / cellular response to glucagon stimulus / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / excitatory synapse / D1 dopamine receptor binding / positive regulation of cAMP-mediated signaling / long-term memory / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / regulation of cytosolic calcium ion concentration / insulin-like growth factor receptor binding / ionotropic glutamate receptor binding / adenylate cyclase activator activity / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / locomotory behavior / positive regulation of long-term synaptic potentiation / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of GTPase activity / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / presynaptic membrane / basolateral plasma membrane / postsynaptic density / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / 神経繊維 / GTPase activity / glutamatergic synapse / 樹状突起 / GTP binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Khanppnavar, B. / Korkhov, V.M. / Mehta, V. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2024 タイトル: Regulatory sites of CaM-sensitive adenylyl cyclase AC8 revealed by cryo-EM and structural proteomics. 著者: Basavraj Khanppnavar / Dina Schuster / Pia Lavriha / Federico Uliana / Merve Özel / Ved Mehta / Alexander Leitner / Paola Picotti / Volodymyr M Korkhov / 要旨: Membrane adenylyl cyclase AC8 is regulated by G proteins and calmodulin (CaM), mediating the crosstalk between the cAMP pathway and Ca signalling. Despite the importance of AC8 in physiology, the ...Membrane adenylyl cyclase AC8 is regulated by G proteins and calmodulin (CaM), mediating the crosstalk between the cAMP pathway and Ca signalling. Despite the importance of AC8 in physiology, the structural basis of its regulation by G proteins and CaM is not well defined. Here, we report the 3.5 Å resolution cryo-EM structure of the bovine AC8 bound to the stimulatory Gαs protein in the presence of Ca/CaM. The structure reveals the architecture of the ordered AC8 domains bound to Gαs and the small molecule activator forskolin. The extracellular surface of AC8 features a negatively charged pocket, a potential site for unknown interactors. Despite the well-resolved forskolin density, the captured state of AC8 does not favour tight nucleotide binding. The structural proteomics approaches, limited proteolysis and crosslinking mass spectrometry (LiP-MS and XL-MS), allowed us to identify the contact sites between AC8 and its regulators, CaM, Gαs, and Gβγ, as well as to infer the conformational changes induced by these interactions. Our results provide a framework for understanding the role of flexible regions in the mechanism of AC regulation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8buz.cif.gz | 241 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8buz.ent.gz | 184.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8buz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/8buz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/8buz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 16252MC 8bv5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 140192.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ADCY8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E1BQ12, アデニル酸シクラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 47003.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNAS, GNAS1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04896 |
#3: 化合物 | ChemComp-FOK / |
#4: 化合物 | ChemComp-GSP / |
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77575 / 対称性のタイプ: POINT |