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- PDB-8bt6: Crystal structure of Toxoplasma gondii glideosome-associated connector -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bt6 | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of Toxoplasma gondii glideosome-associated connector | |||||||||||||||
![]() | Putative anonymous antigen-1 | |||||||||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Function / homology | Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeats / ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Hung, Y.F. / Kursula, I. | |||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of Toxoplasma gondii glideosome-associated connector suggests a role as an elastic element to assist myosin A in generating force for gliding motility Authors: Hung, Y.F. / Chen, Q. / Pires, I. / Rosenthal, P.B. / Kursula, I. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.7 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 291638.844 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-ACT / ![]() | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.66 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M Tris, pH 8.4, 1.4 M potassium sodium tartrate, 50 mM magnesium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 29, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.33→47.33 Å / Num. obs: 141753 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 55.78 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 14.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.33→2.39 Å / Num. unique obs: 10315 / CC1/2: 0.53 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 78.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.33→47.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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