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- PDB-8bk2: X-ray structure of meningococcal factor H binding protein variant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bk2
タイトルX-ray structure of meningococcal factor H binding protein variant 2 in complex with a specific and bactericidal human monoclonal antibody 1B1
要素
  • Fab Heavy chainFragment antigen-binding
  • Fab light Chains
  • Factor H-binding protein
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Meningococcus / Antigen (抗原) / Human Monoclonal (単クローン性) / fHbp / Bactericidal (抗菌薬) / Factor H displacement / Vaccine. (ワクチン)
機能・相同性Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, C-terminal / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / イミダゾール / Factor H-binding protein
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Veggi, D. / Bottomley, J.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bactericidal human monoclonal antibody 1B1 specific for meningococcal factor H binding protein variant 2 and displaces human factor H
著者: Veggi, D. / Bottomley, J.M.
履歴
登録2022年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Factor H-binding protein
B: Factor H-binding protein
C: Factor H-binding protein
H: Fab Heavy chain
L: Fab light Chains
D: Fab Heavy chain
E: Fab light Chains
F: Fab Heavy chain
G: Fab light Chains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,07120
ポリマ－226,8079
非ポリマー1,26411
水3,837213
1
A: Factor H-binding protein
H: Fab Heavy chain
L: Fab light Chains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1096
ポリマ－75,6023
非ポリマー5073
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Factor H-binding protein
D: Fab Heavy chain
E: Fab light Chains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9208
ポリマ－75,6023
非ポリマー3175
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Factor H-binding protein
F: Fab Heavy chain
G: Fab light Chains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0436
ポリマ－75,6023
非ポリマー4403
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.153, 135.641, 121.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Factor H-binding protein


分子量: 28217.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
遺伝子: fhbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9VX96

-
抗体 , 2種, 6分子 HDFLEG

#2: 抗体 Fab Heavy chain / Fragment antigen-binding


分子量: 23871.760 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab light Chains


分子量: 23513.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 7種, 224分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.17 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.09M Sodium Nitrate, Sodium Phosphate dibasic, Ammonium Solphate, 0.1 M Buffer Imidazole, MES monohydrate, pH6.5 and as precipitant mix 25% v/v MPD, 25% PEG 100, 25% w/v PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→49.66 Å / Num. obs: 92813 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 62.03 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.41→2.49 Å / Num. unique obs: 9128 / CC1/2: 0.494

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XZW

6xzw


解像度: 2.41→49.66 Å / SU ML: 0.4322 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.5397
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2696 4732 5.11 %
Rwork0.2044 87913 -
obs0.2076 92645 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→49.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13487 0 83 213 13783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007913841
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.989418747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05582114
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00762417
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.51084915
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.440.41461560.36772873X-RAY DIFFRACTION98.12
2.44-2.470.43861320.36122942X-RAY DIFFRACTION98.65
2.47-2.50.43281650.33862911X-RAY DIFFRACTION99.58
2.5-2.530.39661770.33692885X-RAY DIFFRACTION99.64
2.53-2.560.44941540.31582943X-RAY DIFFRACTION99.65
2.56-2.60.36891730.30912865X-RAY DIFFRACTION99.9
2.6-2.630.34651730.29022925X-RAY DIFFRACTION99.97
2.63-2.670.35241560.2742938X-RAY DIFFRACTION99.84
2.67-2.710.34641650.28022929X-RAY DIFFRACTION99.87
2.71-2.760.34671470.28272949X-RAY DIFFRACTION99.81
2.76-2.810.34421670.28852891X-RAY DIFFRACTION99.87
2.81-2.860.34591550.29172981X-RAY DIFFRACTION99.9
2.86-2.910.33591510.26512882X-RAY DIFFRACTION99.87
2.91-2.970.39851480.27712991X-RAY DIFFRACTION99.87
2.97-3.040.33261640.25952890X-RAY DIFFRACTION99.9
3.04-3.110.30581530.24782929X-RAY DIFFRACTION99.81
3.11-3.180.30911870.23072929X-RAY DIFFRACTION99.74
3.18-3.270.26161630.22352925X-RAY DIFFRACTION99.97
3.27-3.370.32271660.23562932X-RAY DIFFRACTION99.71
3.37-3.480.3471510.22852947X-RAY DIFFRACTION99.87
3.48-3.60.23911390.21432932X-RAY DIFFRACTION99.87
3.6-3.740.28011560.20312947X-RAY DIFFRACTION99.87
3.74-3.910.27791570.18512937X-RAY DIFFRACTION99.84
3.91-4.120.24031580.1752951X-RAY DIFFRACTION99.71
4.12-4.380.20431540.15972937X-RAY DIFFRACTION99.39
4.38-4.720.22761510.14532940X-RAY DIFFRACTION99.26
4.72-5.190.21281730.1592910X-RAY DIFFRACTION99.23
5.19-5.940.24211380.1722951X-RAY DIFFRACTION98.56
5.94-7.480.22521530.19192945X-RAY DIFFRACTION98.95
7.48-49.660.20381500.16453006X-RAY DIFFRACTION99.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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