PDB-8bfy: ABC transporter binding protein CebE from Streptomyces scabiei in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bfy

タイトル

ABC transporter binding protein CebE from Streptomyces scabiei in complex with cellotriose

要素

Putative secreted cellobiose-binding (Transport system associated)

キーワード

CARBOHYDRATE (炭水化物) /

ABC Transporter /

maltose binding protein

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / beta-cellotriose /

クエン酸 / Putative secreted cellobiose-binding (Transport system associated)

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces scabiei (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Rigali, S. / Jourdan, S. / Kerff, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2023
タイトル: Common scab disease: structural basis of elicitor recognition in pathogenic Streptomyces species.
著者: Kerff, F. / Jourdan, S. / Francis, I.M. / Deflandre, B. / Ribeiro Monteiro, S. / Stulanovic, N. / Loria, R. / Rigali, S.

履歴

登録	2022年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / pdbx_initial_refinement_model / Item: _citation.country

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bfy.cif.gz	419.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bfy.ent.gz	260 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bfy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/8bfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/8bfy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative secreted cellobiose-binding (Transport system associated)

ヘテロ分子

46.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.390, 39.430, 79.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.380, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Putative secreted cellobiose-binding (Transport system associated)

分子量: 45476.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces scabiei (バクテリア)
株: 87.22 / 遺伝子: SCAB_57751 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9Z451

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖, Oligosaccharide

オリゴ糖
クラス: 代謝

代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル /

グリセリン

分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 化合物

ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 /

クエン酸

分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.96 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: PEG3350 25%, sodium citrate pH 3.5 100mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→35.33 Å / Num. obs: 53542 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 13.15
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 3.14 % / Num. unique obs: 3849 / CC_1/2: 0.524 / R_rim(I) all: 1.333 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: alphafold model

解像度: 1.55→35.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 4.034 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.073
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1776	2678	5.002 %
R_work	0.1357	50864	-
all	0.138	-	-
obs	-	53542	99.227 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.808 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.762 Å²	0 Å²	-0.407 Å²
2-	-	-0.977 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.766 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→35.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2974	0	65	343	3382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	3057
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	1.641	4295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.458	1.588	6999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.358	5	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.125	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.021	10	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.218	10	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	479
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3613
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	619
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.132	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.14	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.239	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.251	2.187	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.23	2.186	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.712	3.284	2002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.712	3.286	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.452	2.464	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.451	2.463	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.969	3.567	2285
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.969	3.566	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.15	31.38	3676
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.742	28.89	3594
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.133	3	6216

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.42	191	0.38	3642	0.382	3950	0.93	0.949	97.038	0.368
1.59-1.634	0.319	191	0.305	3623	0.305	3833	0.951	0.965	99.5043	0.293
1.634-1.681	0.302	187	0.25	3546	0.253	3746	0.963	0.977	99.653	0.239
1.681-1.732	0.252	183	0.22	3467	0.222	3669	0.967	0.982	99.4821	0.205
1.732-1.789	0.244	177	0.196	3354	0.198	3535	0.966	0.983	99.8868	0.178
1.789-1.852	0.21	169	0.165	3228	0.167	3408	0.975	0.986	99.6772	0.143
1.852-1.921	0.193	165	0.136	3122	0.138	3300	0.977	0.99	99.6061	0.115
1.921-2	0.169	157	0.12	2997	0.123	3172	0.98	0.992	99.4325	0.104
2-2.088	0.149	153	0.111	2905	0.113	3077	0.984	0.993	99.3825	0.097
2.088-2.19	0.197	146	0.111	2768	0.115	2924	0.978	0.993	99.658	0.099
2.19-2.308	0.153	138	0.102	2616	0.104	2769	0.986	0.995	99.4583	0.091
2.308-2.447	0.128	131	0.094	2502	0.096	2645	0.991	0.995	99.5463	0.086
2.447-2.615	0.151	124	0.105	2342	0.107	2484	0.984	0.994	99.2754	0.098
2.615-2.823	0.147	114	0.108	2180	0.11	2315	0.985	0.993	99.0929	0.103
2.823-3.091	0.154	107	0.108	2024	0.111	2147	0.985	0.993	99.2548	0.107
3.091-3.452	0.159	95	0.111	1804	0.113	1918	0.982	0.992	99.0094	0.114
3.452-3.98	0.144	86	0.112	1639	0.113	1749	0.986	0.992	98.6278	0.117
3.98-4.859	0.147	72	0.128	1365	0.129	1456	0.989	0.991	98.6951	0.141
4.859-6.808	0.211	58	0.188	1094	0.189	1164	0.974	0.985	98.9691	0.201
6.808-35.33	0.22	34	0.161	645	0.164	692	0.975	0.986	98.1214	0.193

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