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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bbd | ||||||
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Title | IPNS H270Q variant in complex with ACV after O2 exposure | ||||||
![]() | Isopenicillin N synthase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rabe, P. / Schofield, C.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: IPNS H270Q variant in complex ACV after O2 exposure Authors: Rabe, P. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 175.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 137.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6zaeS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 37553.820 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: H270Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ChemComp-ACV / | #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40.04 % / Description: needle morphology, 3 um x 3 um x 180 um |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: batch mode / pH: 8.3 / Details: 1.7 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: cryogenic / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 13, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.81→41.73 Å / Num. obs: 28255 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 19.63 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.256 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.268 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 332734 / Scaling rejects: 42 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 6ZAE Resolution: 1.81→41.73 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 28.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.63 Å2 / Biso mean: 23.0266 Å2 / Biso min: 12.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.81→41.73 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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