PDB-8bal: Niako3494, a bacterial protein structure in glycoside hydrolase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bal

タイトル

Niako3494, a bacterial protein structure in glycoside hydrolase family 20

要素

Beta-N-acetylhexosaminidase

Hexosaminidase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / GH20 apo protein

機能・相同性

Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain /

beta-N-acetylhexosaminidase activity /

N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process /

Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core

機能・相同性情報

生物種

Niastella koreensis GR20-10 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Dong, M.D. / Roth, C.R. / Jin, Y.J.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Mechanistic and Structural Insights into the Specificity and Biological Functions of Bacterial Sulfoglycosidases
著者: Zhang, Z. / Dong, M. / Zallot, R. / Blackburn, G.M. / Wang, N. / Wang, C. / Chen, L. / Baumann, P. / Wu, Z. / Wang, Z. / Fan, H. / Roth, C. / Jin, Y. / He, Y.

履歴

登録	2022年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bal.cif.gz	352.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bal.ent.gz	276.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bal.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bal ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/8bal	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7dupC 7dvaC 7dvbC 8bblC 8bdpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

C: Beta-N-acetylhexosaminidase

D: Beta-N-acetylhexosaminidase

E: Beta-N-acetylhexosaminidase

F: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

218 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, size exclusion column (SEC)
43.6 kDa, 1 ポリマー
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2

C: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
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3

D: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
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4

E: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
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5

F: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
43.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	146.987, 254.589, 139.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Beta-N-acetylhexosaminidase / Hexosaminidase 分子量: 43543.293 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Niastella koreensis GR20-10 (バクテリア) 株: DSM 17620 / KACC 11465 / NBRC 106392 / GR20-10 / 遺伝子: Niako_3494 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TKW6, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein stock at 18mg/mL, in the precipitant: 0.1 M MMT buffer (DL-Malic acid, MES monohydrate, Tris base [ratio 1:2:2]), pH 6.0, 25 % w/v PEG 1500, protein to precipitant ratio 1:1, 1 uL ...詳細: Protein stock at 18mg/mL, in the precipitant: 0.1 M MMT buffer (DL-Malic acid, MES monohydrate, Tris base [ratio 1:2:2]), pH 6.0, 25 % w/v PEG 1500, protein to precipitant ratio 1:1, 1 uL drop size, +50 nL 1:10000 diluted seed stock. Cryoprotectant used was made up with 20% PEG400 in 80% mother liquor.

結晶

マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.98 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein stock at 18mg/mL, in the precipitant: 0.1 M MMT buffer (DL-Malic acid, MES monohydrate, Tris base [ratio 1:2:2]), pH 6.0, 25 % w/v PEG 1500, protein to precipitant ratio 1:1, 1 uL ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.3317
pseudo-merohedral	2	2	1/2H+1/2K, 3/2H-1/2K, -L	2	0.334
pseudo-merohedral	3	3	1/2H-1/2K, -3/2H-1/2K, -L	3	0.3342

反射

解像度: 2.27→73.49 Å / Num. obs: 120442 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.9 % / CC_1/2: 0.958 / Net I/σ(I): 6.3

反射シェル

解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5852 / CC_1/2: 0.336 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Alphafold

解像度: 2.27→73.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.878 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.811 / SU B: 5.491 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3561	6125	5.087 %
R_work	0.2828	114286	-
all	0.287	-	-
obs	-	120411	99.939 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.703 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.844 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→73.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13710	0	5	28	13743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	14097
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	12978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.613	1.65	19107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.515	1.567	30354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.394	5.003	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.329	5	79
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.057	10	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.829	10	640
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	2032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	15756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.288	0.2	4410
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.234	0.2	15711
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.198	0.2	6748
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	7799
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.29	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.106	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.342	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.347	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.203	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.802	3.284	6801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.802	3.284	6801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.12	4.92	8489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.12	4.921	8490
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.176	3.217	7296
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.176	3.217	7295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.202	4.84	10618
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.202	4.84	10619
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.836	42.859	17551
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.836	42.86	17552

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.27-2.329	0.69	412	0.617	8389	X-RAY DIFFRACTION	99.2893
2.329-2.393	0.648	472	0.526	8110	X-RAY DIFFRACTION	100
2.393-2.462	0.514	457	0.466	7897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.462-2.538	0.568	391	0.383	7821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.538-2.621	0.522	354	0.354	7513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.621-2.713	0.411	404	0.279	7226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.713-2.815	0.463	346	0.295	7059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.815-2.93	0.409	327	0.252	6774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.061	0.313	340	0.23	6475	X-RAY DIFFRACTION	100
3.061-3.21	0.352	277	0.261	6240	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.383	0.281	345	0.223	5890	X-RAY DIFFRACTION	100
3.383-3.589	0.32	281	0.264	5615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.589-3.836	0.288	285	0.239	5233	X-RAY DIFFRACTION	100
3.836-4.143	0.301	312	0.235	4877	X-RAY DIFFRACTION	100
4.143-4.538	0.278	232	0.225	4549	X-RAY DIFFRACTION	100
4.538-5.073	0.261	237	0.252	4110	X-RAY DIFFRACTION	100
5.073-5.857	0.339	209	0.253	3597	X-RAY DIFFRACTION	100
5.857-7.17	0.316	213	0.241	3073	X-RAY DIFFRACTION	100
7.17-10	0.29	145	0.248	2439	X-RAY DIFFRACTION	100
8-73.49	0.307	86	0.298	1399	X-RAY DIFFRACTION	99.2647

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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