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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b64 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RC-LH1-PufX photosynthetic core complex from Rba. capsulatus | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / PufX / core complex / RC-LH1 / Rba capsulatus / photosynthetic core | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter capsulatus (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.589 Å | ||||||
データ登録者 | Bracun, L. / Yamagata, A. / Shirouzu, M. / Liu, L.N. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of a monomeric RC-LH1-PufX supercomplex with high-carotenoid content from Rhodobacter capsulatus. 著者: Laura Bracun / Atsushi Yamagata / Bern M Christianson / Mikako Shirouzu / Lu-Ning Liu / 要旨: In purple photosynthetic bacteria, the photochemical reaction center (RC) and light-harvesting complex 1 (LH1) assemble to form monomeric or dimeric RC-LH1 membrane complexes, essential for bacterial ...In purple photosynthetic bacteria, the photochemical reaction center (RC) and light-harvesting complex 1 (LH1) assemble to form monomeric or dimeric RC-LH1 membrane complexes, essential for bacterial photosynthesis. Here, we report a 2.59-Å resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the RC-LH1 supercomplex from Rhodobacter capsulatus. We show that Rba. capsulatus RC-LH1 complexes are exclusively monomers in which the RC is surrounded by a 15-subunit LH1 ring. Incorporation of a transmembrane polypeptide PufX leads to a large opening within the LH1 ring. Each LH1 subunit associates two carotenoids and two bacteriochlorophylls, which is similar to Rba. sphaeroides RC-LH1 but more than one carotenoid per LH1 in Rba. veldkampii RC-LH1 monomer. Collectively, the unique Rba. capsulatus RC-LH1-PufX represents an intermediate structure between Rba. sphaeroides and Rba. veldkampii RC-LH1-PufX. Comparison of PufX from the three Rhodobacter species indicates the important residues involved in dimerization of RC-LH1. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b64.cif.gz | 613 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b64.ent.gz | 454.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b64.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/8b64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/8b64 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 15862MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 16分子 aebdtsuronkjigfX
#1: タンパク質 | 分子量: 6600.920 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P02948 #3: タンパク質 | | 分子量: 8574.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P26240 |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 15分子 DAEBSTUORKNIJFG
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5470.303 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P02950 |
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-Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH
#4: タンパク質 | 分子量: 31586.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P19057 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 34462.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P11847 |
#6: タンパク質 | 分子量: 28569.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 参照: UniProt: P19056 |
-非ポリマー , 6種, 75分子
#7: 化合物 | ChemComp-BCL / #8: 化合物 | ChemComp-SPO / #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-U10 / #11: 化合物 | ChemComp-3PE / #12: 化合物 | ChemComp-FE / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RC-LH1-PufX photosynthetic core complex from Rba. capsulatus タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Rhodobacter capsulatus (バクテリア) / 株: SB1003 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50.32 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.589 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 181054 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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