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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b4n | ||||||
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タイトル | X-ray structure of phycoerythrin from Porphyridium cruentum | ||||||
![]() | (B-phycoerythrin ...) x 2 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Merlino, A. / Ferraro, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Inside out Porphyridium cruentum : Beyond the Conventional Biorefinery Concept. 著者: Liberti, D. / Imbimbo, P. / Giustino, E. / D'Elia, L. / Ferraro, G. / Casillo, A. / Illiano, A. / Pinto, G. / Di Meo, M.C. / Alvarez-Rivera, G. / Corsaro, M.M. / Amoresano, A. / Zarrelli, A. ...著者: Liberti, D. / Imbimbo, P. / Giustino, E. / D'Elia, L. / Ferraro, G. / Casillo, A. / Illiano, A. / Pinto, G. / Di Meo, M.C. / Alvarez-Rivera, G. / Corsaro, M.M. / Amoresano, A. / Zarrelli, A. / Ibanez, E. / Merlino, A. / Monti, D.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 167.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3v58S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-B-phycoerythrin ... , 2種, 6分子 AAACCCBBBBbBDDDDbD
#1: タンパク質 | 分子量: 17824.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 18570.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 338分子 ![](data/chem/img/PEB.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MEN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MEN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-PEB / ![]() #4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PE crystals were grown by hanging drop vapor diffusion method (Russo Krauss et al., 2013) using a drop containing 10 mg/mL PE in 0.250 M ammonium sulphate, 25.0 mM potassium phosphate at pH 5. ...詳細: PE crystals were grown by hanging drop vapor diffusion method (Russo Krauss et al., 2013) using a drop containing 10 mg/mL PE in 0.250 M ammonium sulphate, 25.0 mM potassium phosphate at pH 5.0, equilibrated with a reservoir containing 0.500 M ammonium sulphate, 50.0 mM potassium phosphate at pH 5.0. PH範囲: 5 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.597→46.648 Å / Num. obs: 100909 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.597→1.625 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 1.028 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 44973 / CC1/2: 0.595 / Rpim(I) all: 0.36 / Rrim(I) all: 0.999 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 3V58 解像度: 1.6→46.648 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 2.264 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.932 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.648 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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