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万見
- PDB-8b43: Crystal structure of ferrioxamine transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b43
タイトルCrystal structure of ferrioxamine transporter
要素Ferrichrome-iron receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Siderophore TonB-dependent transporter Pseudomonas aeruginosa Iron
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-OX8 / Ferrichrome-iron receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Josts, I. / Tidow, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Interactions of TonB-dependent transporter FoxA with siderophores and antibiotics that affect binding, uptake, and signal transduction.
著者: Chan, D.C.K. / Josts, I. / Koteva, K. / Wright, G.D. / Tidow, H. / Burrows, L.L.
履歴
登録2022年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrichrome-iron receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,63313
ポリマ－90,0581
非ポリマー2,57412
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area26560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.411, 95.411, 177.984
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Ferrichrome-iron receptor / Ferrioxamine receptor FoxA / TonB-dependent siderophore receptor


分子量: 90058.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: fhuA, CAZ10_13360, CCBH4851_00003, E4V10_32510, E5Z62_12280, E5Z63_14065, ECC04_000265, IPC111_29490, IPC112_00225, IPC113_05635, IPC114_00330, IPC115_06110, IPC116_18480, IPC117_19040, ...遺伝子: fhuA, CAZ10_13360, CCBH4851_00003, E4V10_32510, E5Z62_12280, E5Z63_14065, ECC04_000265, IPC111_29490, IPC112_00225, IPC113_05635, IPC114_00330, IPC115_06110, IPC116_18480, IPC117_19040, IPC118_20600, IPC119_16420, IPC120_21950, IPC121_12885, IPC122_11180, IPC123_16730, IPC127_08885, IPC128_09865, IPC129_00020, IPC1308_04865, IPC1309_03980, IPC130_05340, IPC1316_31905, IPC1318_19180, IPC1319_31550, IPC1322_32775, IPC1323_26065, IPC1324_33040, IPC1325_29400, IPC1326_32065, IPC1327_32520, IPC1328_29370, IPC1330_28425, IPC1331_24705, IPC1334_10415, IPC1336_30070, IPC1337_10850, IPC1339_09990, IPC133_29845, IPC1340_09045, IPC1341_24180, IPC1345_29990, IPC1346_29735, IPC1348_00035, IPC1349_15780, IPC135_30075, IPC137_00035, IPC144_29610, IPC145_28630, IPC146_29610, IPC1474_04965, IPC1476_32515, IPC1477_33575, IPC1478_33300, IPC1479_32370, IPC147_29490, IPC1480_32130, IPC1481_32815, IPC1482_21280, IPC1485_09320, IPC1486_10855, IPC1487_33190, IPC1489_18290, IPC148_26420, IPC1491_08270, IPC1492_29835, IPC1495_19880, IPC1496_33380, IPC1499_32915, IPC149_29645, IPC1502_10500, IPC1505_28910, IPC1506_21665, IPC1507_22645, IPC1508_18730, IPC1509_33270, IPC150_29930, IPC1510_33310, IPC1511_32960, IPC1514_01540, IPC1515_22320, IPC1516_17155, IPC1519_22675, IPC151_29990, IPC1521_33400, IPC1522_24390, IPC1523_32260, IPC1583_30165, IPC1584_20440, IPC1585_29835, IPC1588_30170, IPC1591_33265, IPC1594_30075, IPC1598_25380, IPC1600_30275, IPC1601_29690, IPC1605_17140, IPC1606_30605, IPC161_15130, IPC162_30720, IPC163_19705, IPC164_31415, IPC165_30780, IPC166_01575, IPC167_30540, IPC168_09805, IPC169_30590, IPC170_31460, IPC171_30710, IPC172_27970, IPC173_29435, IPC174_29630, IPC175_29725, IPC176_29315, IPC177_02190, IPC179_31230, IPC180_31650, IPC181_32015, IPC182_29540, IPC183_29205, IPC184_29735, IPC30_22565, IPC31_25415, IPC32_21555, IPC56_24585, IPC574_27490, IPC575_26795, IPC576_25760, IPC577_27630, IPC578_25795, IPC579_25235, IPC580_09580, IPC582_23120, IPC584_11300, IPC586_25800, IPC589_11355, IPC603_33385, IPC604_32235, IPC605_33360, IPC606_33430, IPC608_27725, IPC609_32540, IPC610_23145, IPC611_33385, IPC612_21400, IPC613_33705, IPC614_33670, IPC615_33055, IPC616_32660, IPC618_22390, IPC61_22085, IPC620_33170, IPC624_33400, IPC70_09875, IPC72_30920, IPC73_32315, IPC74_32150, IPC75_28580, IPC77_23050, IPC78_29675
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C7CQY7
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-OX8 / 1,12-bis(oxidanyl)-1,6,12,17-tetrazacyclodocosane-2,5,13,16-tetrone / ビスカベリン


分子量: 400.470 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode
詳細: 1.8 M ammonium sulfate 0.1 M MES pH 6.5 0.7% octyl glucoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.489→82.628 Å / Num. obs: 20915 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 18.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.489→2.81 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 1.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1045 / CC1/2: 0.727 / Rpim(I) all: 0.506 / % possible all: 74.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3865精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I96

6i96


解像度: 2.49→59.33 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2589 994 4.76 %
Rwork0.2171 19906 -
obs0.2192 20900 62.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 170.16 Å2 / Biso mean: 60.7225 Å2 / Biso min: 24.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→59.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5324 0 133 0 5457
Biso mean--69.24 --
残基数----677
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.49-2.620.5547100.34231811914
2.62-2.780.397220.321865667814
2.78-30.3569810.32981558163935
3-3.30.30621700.28243584375479
3.3-3.780.29782210.218645484769100
3.78-4.760.23532280.192646144842100
4.76-59.330.23742620.206347655027100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3549-0.46090.06110.70960.5181.6691-0.1780.13630.6470.2078-0.3025-0.3769-0.5050.15510.43090.7482-0.2191-0.09750.50160.17720.762616.6213-15.166619.4562
21.3155-0.22050.81561.1166-0.19311.8121-0.0785-0.0850.29940.011-0.138-0.1012-0.2903-0.04870.20830.1954-0.0336-0.0070.3811-0.00320.32747.7768-33.999518.696
31.9552-0.89580.37911.6362-1.1880.9255-0.06430.47460.2055-0.1211-0.1658-0.52160.07820.73950.18440.1369-0.16670.08660.64270.15020.426824.4568-39.163416.4612
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 761 through 820 )A761 - 820
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 144 through 568 )A144 - 568
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 569 through 760 )A569 - 760

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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