+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ay3 | ||||||
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Title | X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE CsPYL1-iSB9-HAB1 TERNARY COMPLEX | ||||||
Components |
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Keywords | PLANT PROTEIN / CsPYL1 / HAB1 / Phosphatase ABA receptor inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / signaling receptor activity / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Citrus sinensis (sweet orange) Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Infantes, L. / Albert, A. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2023 Title: Structure-guided engineering of a receptor-agonist pair for inducible activation of the ABA adaptive response to drought. Authors: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. ...Authors: Lozano-Juste, J. / Infantes, L. / Garcia-Maquilon, I. / Ruiz-Partida, R. / Merilo, E. / Benavente, J.L. / Velazquez-Campoy, A. / Coego, A. / Bono, M. / Forment, J. / Pampin, B. / Destito, P. / Monteiro, A. / Rodriguez, R. / Cruces, J. / Rodriguez, P.L. / Albert, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ay3.cif.gz | 258.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ay3.ent.gz | 170.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ay3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6zucC 8ay6C 8ay7C 8ay8C 8ay9C 8ayaC 5mn0S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 23293.822 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Citrus sinensis (sweet orange) / Gene: CISIN_1g046151mg / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A067E666 |
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#2: Protein | Mass: 36971.438 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: HAB1, P2C-HA, At1g72770, F28P22.4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9CAJ0, protein-serine/threonine phosphatase |
-Non-polymers , 5 types, 177 molecules
#3: Chemical | ChemComp-OE3 / ~{ | ||||||
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#4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / pH: 6.5 / Details: 30% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.979257 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979257 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→44.05 Å / Num. obs: 39950 / % possible obs: 98.92 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 35.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09521 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 11.48 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.968 Å / Rmerge(I) obs: 2.313 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3884 / CC1/2: 0.502 / CC star: 0.817 / Rrim(I) all: 2.525 / % possible all: 98.25 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 5MN0 Resolution: 1.9→44.05 Å / SU ML: 0.2671 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.2 / Phase error: 29.4101 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→44.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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