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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8awz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Trametes versicolor glutathione transferase Omega 3S in complex with dinitrosyl glutathionyl iron complex (DNGIC) | ||||||
![]() | Glutathione transferase![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schwartz, M. / Didierjean, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the interactions of glutathione transferases with a nitric oxide carrier and sodium nitroprusside. 著者: Schwartz, M. / Perrot, T. / Beurton, J. / Zannini, F. / Morel-Rouhier, M. / Gelhaye, E. / Neiers, F. / Schaniel, D. / Favier, F. / Jacquot, J.P. / Leroy, P. / Clarot, I. / Boudier, A. / Didierjean, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 27526.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A384E145, ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 605分子 ![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/NO.gif)
![](data/chem/img/GSH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/GSH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PG4 / ![]() | ||||||||||||
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#3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-NO / ![]() #6: 化合物 | ![]() #7: 化合物 | ChemComp-CA / | #8: 化合物 | ChemComp-PEG / | ![]() #9: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 30 % PEG 400, 0.2 M Calcium Acetate, 0.1 M Acetate Buffer, pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.549→45.36 Å / Num. obs: 82204 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 15.68 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 15.04 |
反射 シェル | 解像度: 1.549→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 5668 / CC1/2: 0.58 / Rrim(I) all: 0.873 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6F43 解像度: 1.549→45.357 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.76 Å2 / Biso mean: 19.3118 Å2 / Biso min: 7.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.549→45.357 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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