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- PDB-8at0: PotF with mutation D247K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8at0
タイトルPotF with mutation D247K
要素Putrescine-binding periplasmic protein PotF
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Periplasmic-binding protein / Non-binding variant
機能・相同性
機能・相同性情報


putrescine transport / putrescine binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-1-methoxypropan-2-amine / マロン酸 / (2~{S})-1-(2-methoxyethoxy)propan-2-amine / Putrescine-binding periplasmic protein PotF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kroeger, P. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)HO4022/2-3 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A fluorescent biosensor for the visualization of Agmatine
著者: Kroeger, P. / Stiel, A.C. / Stueven, B. / Shanmugaratnam, S. / Schoch, S. / Wachten, D. / Hocker, B.
履歴
登録2022年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putrescine-binding periplasmic protein PotF
B: Putrescine-binding periplasmic protein PotF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,76216
ポリマ－78,3692
非ポリマー1,39414
水5,513306
1
A: Putrescine-binding periplasmic protein PotF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9999
ポリマ－39,1841
非ポリマー8158
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putrescine-binding periplasmic protein PotF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7637
ポリマ－39,1841
非ポリマー5796
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.700, 70.700, 272.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putrescine-binding periplasmic protein PotF


分子量: 39184.434 Da / 分子数: 2 / 変異: D247K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: potF, b0854, JW0838 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31133

-
非ポリマー , 6種, 320分子

#2: 化合物 ChemComp-ONT / (2~{S})-1-(2-methoxyethoxy)propan-2-amine / Jeffamine


分子量: 133.189 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15NO2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-JFN / (2R)-1-methoxypropan-2-amine / jeffamine / (R)-1-メトキシ-2-アミノプロパン


分子量: 89.136 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11NO
#5: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2.4 M AmSO4, 0.1 M Bicine pH 9, 10% Jeffamine M600 pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月7日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.55 Å / Num. obs: 54785 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 39.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 2.98 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 5385 / CC1/2: 0.256 / CC star: 0.639 / Rpim(I) all: 0.918 / Rrim(I) all: 3.12 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20210323データ削減
XSCALE20210323データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
Coot0.9.6モデル構築
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A99

1a99


解像度: 2→45.55 Å / SU ML: 0.2648 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.75
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 2101 3.83 %
Rwork0.2015 52684 -
obs0.203 54785 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5362 0 88 306 5756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315668
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57447712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0444848
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042994
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1542081
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.31991370.30893418X-RAY DIFFRACTION99.03
2.05-2.10.38821380.30473459X-RAY DIFFRACTION99.97
2.1-2.150.33431370.30383453X-RAY DIFFRACTION99.89
2.15-2.220.351400.26993508X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.290.3081370.26123427X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.370.28761380.25263475X-RAY DIFFRACTION99.94
2.37-2.460.30061380.23753453X-RAY DIFFRACTION99.97
2.46-2.580.3061380.23793468X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.710.31121400.24083525X-RAY DIFFRACTION99.97
2.71-2.880.31721390.23963476X-RAY DIFFRACTION99.97
2.88-3.110.27031400.22173518X-RAY DIFFRACTION99.97
3.11-3.420.22831410.20643538X-RAY DIFFRACTION99.97
3.42-3.910.21631420.17283561X-RAY DIFFRACTION99.97
3.91-4.930.1841440.1433601X-RAY DIFFRACTION100
4.93-45.550.18581520.17323804X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.695482746720.3133226728060.6568635857221.63785721310.3873469853470.6223934573780.0110148536091-0.0606605407996-0.002888343174280.0867685785915-0.05402248983830.197549099626-0.156637792243-0.1552424377830.03838375342630.3985128433080.0797959503637-0.02314923717040.2757546619410.0503166267850.289977716267-6.3523207614721.3029552529-71.2107001922
21.743218397580.399606262564-1.086358803211.21017510954-0.2320222582041.88858879070.01758787191-0.06463575851920.1426734853280.0655743959205-0.0318050076991-0.04432207377780.0455692417036-0.07525382743410.008367434778660.3937597930770.0513088164862-0.003347613495130.194933826211-0.04239535520530.302952301216-13.8120416599-9.93087175816-65.4369925623
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 29 - 369 / Label seq-ID: 1 - 341

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and resid 29 through 369)AA
22(chain 'B' and resid 29 through 369)BC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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