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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8as4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human beta-arrestin-1 | ||||||
要素 | Beta-arrestin-1アレスチン | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Arrestin (アレスチン) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 angiotensin receptor binding / Activation of SMO / negative regulation of interleukin-8 production / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / enzyme inhibitor activity / Lysosome Vesicle Biogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity ...angiotensin receptor binding / Activation of SMO / negative regulation of interleukin-8 production / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / enzyme inhibitor activity / Lysosome Vesicle Biogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / stress fiber assembly / negative regulation of Notch signaling pathway / 仮足 / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of receptor internalization / クラスリン / negative regulation of protein ubiquitination / insulin-like growth factor receptor binding / 視覚 / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / GTPase activator activity / G protein-coupled receptor binding / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / cytoplasmic vesicle membrane / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / protein transport / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / cytoplasmic vesicle / G alpha (s) signalling events / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nuclear body / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / positive regulation of protein phosphorylation / lysosomal membrane / ゴルジ体 / ubiquitin protein ligase binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Jakob, R.P. / Panwalkar, V. / Grzesiek, S. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023 タイトル: A key GPCR phosphorylation motif discovered in arrestin2⋅CCR5 phosphopeptide complexes. 著者: Isaikina, P. / Petrovic, I. / Jakob, R.P. / Sarma, P. / Ranjan, A. / Baruah, M. / Panwalkar, V. / Maier, T. / Shukla, A.K. / Grzesiek, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8as4.cif.gz | 558.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8as4.ent.gz | 466.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8as4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/8as4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/8as4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8as2C 8as3C 1g4mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47119.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARRB1, ARR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49407 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.02 M Calcium chloride 0.02 M Cadmium chloride hydrate, 0.02 M Cobalt(II) chloride hexahydrate, 20%PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→44.98 Å / Num. obs: 44486 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 27 % / Rmerge(I) obs: 2.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4409 / CC1/2: 0.79 / Rpim(I) all: 0.78 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1G4M 解像度: 2.3→44.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.25 / SU Rfree Blow DPI: 0.192
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原子変位パラメータ | Biso max: 237.06 Å2 / Biso mean: 80.42 Å2 / Biso min: 25.4 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→44.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.32 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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