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- PDB-8arm: Crystal structure of LSSmScarlet2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8arm
タイトルCrystal structure of LSSmScarlet2
要素LSSmScarlet2
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / LSSmScarlet2
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / Red fluorescent protein drFP583
機能・相同性情報
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Samygina, V.R. / Subach, O.M. / Vlaskina, A.V. / Subach, F.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号
Other government ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / : 2022
タイトル: LSSmScarlet2 and LSSmScarlet3, Chemically Stable Genetically Encoded Red Fluorescent Proteins with a Large Stokes' Shift.
著者: Subach, O.M. / Vlaskina, A.V. / Agapova, Y.K. / Piatkevich, K.D. / Patrushev, M.V. / Samygina, V.R. / Subach, F.V.
履歴
登録2022年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LSSmScarlet2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6102
ポリマ-26,5141
非ポリマー961
6,864381
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.618, 45.373, 58.744
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.092, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-475-

HOH

21A-668-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 LSSmScarlet2


分子量: 26513.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U6Y8
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, MES pH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.967697 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.967697 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→39.8 Å / Num. obs: 42307 / % possible obs: 97.57 % / 冗長度: 1.56 % / Biso Wilson estimate: 17.61 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.41→1.45 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.43 / Num. unique obs: 2725 / CC1/2: 0.94 / Rrim(I) all: 0.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LK4
解像度: 1.41→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.713 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1523 2090 5.091 %
Rwork0.1125 38959 -
all0.115 --
obs-41049 97.402 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 12.017 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.432 Å2-0 Å20.496 Å2
2--0.304 Å2-0 Å2
3----0.077 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1738 0 28 381 2147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0131956
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7521.6842656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4221.5994277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2695257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.79121.429112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05915369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2341517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2030.21630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.2864
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0880.2937
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0710.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2440.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1460.247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0540.847922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9850.84920
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2981.2761162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3031.2751162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.561.1731034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5581.1691031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8691.6361475
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8641.6291469
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.22213.6022291
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.32312.0742179
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.37133780
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.41-1.4460.2071510.15626090.15930400.9410.95390.78950.144
1.446-1.4860.1611460.13227730.13329950.9610.96897.46240.121
1.486-1.5280.1541420.11827070.1228880.9670.97498.64960.108
1.528-1.5750.1771490.10926700.11228580.9570.96998.63540.099
1.575-1.6260.1511300.09925820.10227420.9680.97598.90590.089
1.626-1.6820.1431370.08525190.08726820.9710.98399.03060.078
1.682-1.7450.141220.09424010.09625550.9730.9898.74760.085
1.745-1.8150.1471140.08623200.08924730.9740.98598.4230.079
1.815-1.8940.1371240.09422100.09623700.9740.98398.4810.089
1.894-1.9850.1311090.09921180.10122730.9770.98297.97620.095
1.985-2.0910.151060.09520400.09821880.9790.98798.08040.093
2.091-2.2150.1261140.09918900.10120390.9830.98598.28350.099
2.215-2.3640.1431080.09817830.119510.9720.98196.92470.099
2.364-2.5480.139900.115510.10318120.9770.98190.56290.104
2.548-2.7830.164920.11715440.1216500.9660.97799.15150.123
2.783-3.0990.145730.11714440.11915380.9760.97898.63460.127
3.099-3.5530.12530.10812660.10813420.9850.98598.28610.121
3.553-4.2910.162520.12311000.12511690.9710.97598.54580.144
4.291-5.8350.192430.1588720.1599280.9790.98198.59910.192
5.835-150.225340.2435500.2425990.9530.95797.49580.293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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