PDB-8arm: Crystal structure of LSSmScarlet2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8arm

タイトル

Crystal structure of LSSmScarlet2

要素

LSSmScarlet2

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / LSSmScarlet2

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related /

緑色蛍光タンパク質 /

生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / Red fluorescent protein drFP583

機能・相同性情報

生物種

Discosoma sp. (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Samygina, V.R. / Subach, O.M. / Vlaskina, A.V. / Subach, F.V.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: LSSmScarlet2 and LSSmScarlet3, Chemically Stable Genetically Encoded Red Fluorescent Proteins with a Large Stokes' Shift.
著者: Subach, O.M. / Vlaskina, A.V. / Agapova, Y.K. / Piatkevich, K.D. / Patrushev, M.V. / Samygina, V.R. / Subach, F.V.

履歴

登録	2022年8月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8arm.cif.gz	118.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8arm.ent.gz	86.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8arm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/8arm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/8arm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lk4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: LSSmScarlet2

ヘテロ分子

26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.618, 45.373, 58.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.092, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-475- HOH
2	1	A-668- HOH

#1: タンパク質	LSSmScarlet2 分子量: 26513.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U6Y8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, MES pH6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.967697 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.967697 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→39.8 Å / Num. obs: 42307 / % possible obs: 97.57 % / 冗長度: 1.56 % / B_iso Wilson estimate: 17.61 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.41→1.45 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.43 / Num. unique obs: 2725 / CC_1/2: 0.94 / R_rim(I) all: 0.26

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LK4

5lk4

解像度: 1.41→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.713 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1523	2090	5.091 %
R_work	0.1125	38959	-
all	0.115	-	-
obs	-	41049	97.402 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.017 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.432 Å²	-0 Å²	0.496 Å²
2-	-	0.304 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.077 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1738	0	28	381	2147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.752	1.684	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.422	1.599	4277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.269	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.791	21.429	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.059	15	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.234	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	433
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	864
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.071	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.244	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.054	0.847	922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.985	0.84	920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.298	1.276	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.303	1.275	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.56	1.173	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.558	1.169	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.869	1.636	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.864	1.629	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.222	13.602	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.323	12.074	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.371	3	3780

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.41-1.446	0.207	151	0.156	2609	0.159	3040	0.941	0.953	90.7895	0.144
1.446-1.486	0.161	146	0.132	2773	0.133	2995	0.961	0.968	97.4624	0.121
1.486-1.528	0.154	142	0.118	2707	0.12	2888	0.967	0.974	98.6496	0.108
1.528-1.575	0.177	149	0.109	2670	0.112	2858	0.957	0.969	98.6354	0.099
1.575-1.626	0.151	130	0.099	2582	0.102	2742	0.968	0.975	98.9059	0.089
1.626-1.682	0.143	137	0.085	2519	0.087	2682	0.971	0.983	99.0306	0.078
1.682-1.745	0.14	122	0.094	2401	0.096	2555	0.973	0.98	98.7476	0.085
1.745-1.815	0.147	114	0.086	2320	0.089	2473	0.974	0.985	98.423	0.079
1.815-1.894	0.137	124	0.094	2210	0.096	2370	0.974	0.983	98.481	0.089
1.894-1.985	0.131	109	0.099	2118	0.101	2273	0.977	0.982	97.9762	0.095
1.985-2.091	0.15	106	0.095	2040	0.098	2188	0.979	0.987	98.0804	0.093
2.091-2.215	0.126	114	0.099	1890	0.101	2039	0.983	0.985	98.2835	0.099
2.215-2.364	0.143	108	0.098	1783	0.1	1951	0.972	0.981	96.9247	0.099
2.364-2.548	0.139	90	0.1	1551	0.103	1812	0.977	0.981	90.5629	0.104
2.548-2.783	0.164	92	0.117	1544	0.12	1650	0.966	0.977	99.1515	0.123
2.783-3.099	0.145	73	0.117	1444	0.119	1538	0.976	0.978	98.6346	0.127
3.099-3.553	0.12	53	0.108	1266	0.108	1342	0.985	0.985	98.2861	0.121
3.553-4.291	0.162	52	0.123	1100	0.125	1169	0.971	0.975	98.5458	0.144
4.291-5.835	0.192	43	0.158	872	0.159	928	0.979	0.981	98.5991	0.192
5.835-15	0.225	34	0.243	550	0.242	599	0.953	0.957	97.4958	0.293

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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