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- PDB-8arb: Heterologous Complex of shortened Aeromonas hydrophila Type III s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8arb
タイトルHeterologous Complex of shortened Aeromonas hydrophila Type III secretion substrate AscX with Yersinia enterocolitica chaperone YscY
要素
  • AscX
  • Chaperone protein YscYシャペロン
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / Type III Secretion System / T3SS / SctX / SctY
機能・相同性Type III secretion system YscX / Type III secretion system chaperone, YscY / Type III secretion system YscX (type_III_YscX) / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / 細胞質 / リン酸塩 / Chaperone protein YscY / AscX
機能・相同性情報
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Gilzer, D. / Flottmann, F. / Niemann, H.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: The type III secretion chaperone SctY may shield the hydrophobic export gate-binding C-terminus of its substrate SctX.
著者: Gilzer, D. / Kowal, J.L. / Flottmann, F. / Niemann, H.H.
履歴
登録2022年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein YscY
B: AscX
C: Chaperone protein YscY
D: AscX
E: Chaperone protein YscY
F: AscX
G: Chaperone protein YscY
H: AscX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,36213
ポリマ－90,7448
非ポリマー6185
水724
1
A: Chaperone protein YscY
B: AscX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7813
ポリマ－22,6862
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Chaperone protein YscY
D: AscX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0194
ポリマ－22,6862
非ポリマー3332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Chaperone protein YscY
F: AscX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7813
ポリマ－22,6862
非ポリマー951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Chaperone protein YscY
H: AscX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7813
ポリマ－22,6862
非ポリマー951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.330, 160.560, 156.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 12 through 118)
d_2ens_1(chain "C" and resid 12 through 118)
d_3ens_1chain "G"
d_1ens_2(chain "B" and (resid 51 through 62 or resid 70 through 82 or resid 84 through 119))
d_2ens_2(chain "D" and (resid 51 through 62 or resid 70 through 82 or resid 84 through 119))
d_3ens_2(chain "F" and (resid 51 through 62 or resid 70 through 82 or resid 84 through 119))
d_4ens_2(chain "H" and (resid 51 through 82 or resid 84 through 119))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRHISA3 - 109
d_21ens_1THRHISD3 - 109
d_31ens_1THRHISI1 - 107
d_11ens_2LEUPROB4 - 15
d_12ens_2LEULEUB20 - 32
d_13ens_2SERHISB34 - 69
d_21ens_2LEUPROE4 - 15
d_22ens_2LEULEUE20 - 32
d_23ens_2SERHISE34 - 69
d_31ens_2LEUPROH1 - 12
d_32ens_2LEULEUH14 - 26
d_33ens_2SERHISH28 - 63
d_41ens_2LEULEUJ3 - 27
d_42ens_2SERHISJ29 - 64

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999943416166, -0.00731977767759, 0.0077191529029), (-0.00792649353437, -0.996621835128, 0.0817440422735), (0.00709472811581, -0.0818006026978, -0.996623462613)-0.11906853187, -51.4174248614, 76.5357825838
2given(-0.713601861862, 0.329959358311, 0.617979938679), (0.50448222249, -0.370029277578, 0.780112825768), (0.486076197667, 0.868449857849, 0.0975949510109)-36.0323695541, -49.4257240777, 55.3862720356
3given(0.99924300414, -0.0367192351853, -0.0128497643827), (-0.0366217725202, -0.999299225878, 0.00773969876367), (-0.0131249554195, -0.00726325869558, -0.999887483979)-0.45431885134, -51.4187568435, 77.7377932489
4given(-0.836896118886, 0.342203214547, 0.427202348013), (-0.332016525054, 0.303127356033, -0.893240635616), (-0.435166535116, -0.88938786026, -0.140068985636)-32.794266056, 3.21870323018, 23.1968325573
5given(-0.765313933684, 0.368166008373, 0.52796626141), (0.414332429803, -0.345927538072, 0.841821106897), (0.492567985685, 0.863010966722, 0.112200048112)-34.628368031, -51.7801877885, 55.581065039

-
要素

#1: タンパク質
Chaperone protein YscY / シャペロン / Yop proteins translocation protein Y


分子量: 14077.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: yscY / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C2N2
#2: タンパク質
AscX


分子量: 8607.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal residues GAM remain after TEV-cleavage of the N-terminal MBP-tag.
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ)
遺伝子: ascX / プラスミド: pETM-40 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q699R5
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: reservoir solution: 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.6-0.9 M sodium dihydrogen phosphate, 0.6-0.9 M potassium dihydrogen phosphate [1.4-1.8 M total phosphate]; protein: 10 mg/mL in 20 mM Tris pH 8, 150 ...詳細: reservoir solution: 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.6-0.9 M sodium dihydrogen phosphate, 0.6-0.9 M potassium dihydrogen phosphate [1.4-1.8 M total phosphate]; protein: 10 mg/mL in 20 mM Tris pH 8, 150 mM NaCl, 5 mM TCEP; drop size: 0.66 uL protein + 0.33 uL reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→80.28 Å / Num. obs: 34253 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 24.86 % / Biso Wilson estimate: 80.05 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.229 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.63→2.7 Å / 冗長度: 12.93 % / Mean I/σ(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 2292 / CC1/2: 0.239 / Rrim(I) all: 4.831 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20200131データ削減
XSCALE20220220データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QIH

7qih


解像度: 2.63→80.28 Å / SU ML: 0.501 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.1318
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3262 1664 4.98 %
Rwork0.2912 31730 -
obs0.293 33394 97.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 108.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→80.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5266 0 35 4 5305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00175388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.35797273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0279811
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028952
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.55892032
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.731425614634
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.531239008869
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.717797549239
ens_2d_3BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.05995438212
ens_2d_4BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.19195092547
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.63-2.710.44121020.41452097X-RAY DIFFRACTION78.76
2.71-2.80.37971400.3612655X-RAY DIFFRACTION99.93
2.8-2.90.35681390.33622647X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.010.3611420.32652685X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.150.36911400.31112668X-RAY DIFFRACTION99.93
3.15-3.320.33191410.30112676X-RAY DIFFRACTION99.86
3.32-3.530.30371410.29312670X-RAY DIFFRACTION99.68
3.53-3.80.32391420.28962686X-RAY DIFFRACTION99.65
3.8-4.180.34441420.27992700X-RAY DIFFRACTION99.93
4.18-4.780.2691410.26052696X-RAY DIFFRACTION99.3
4.79-6.030.39621440.31092729X-RAY DIFFRACTION99.45
6.03-80.280.29661500.27582821X-RAY DIFFRACTION99.07
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.414455946973.7223761437-2.815636980718.107339909930.5599276603462.62053787865-0.4468206279281.58257378562-0.61154231804-1.29432251190.251558726784-0.732546293467-0.1255077280180.4085703834930.3899765477930.267928911243-0.167173828263-0.08915410572961.008741237270.1816592570180.670080548336-12.616799681-26.353770794811.094189988
23.94888227527-0.9033170409771.251361634843.008941282281.321343217251.320094312160.2738067032010.368506757730.268789702677-0.424443435606-0.5125342338750.462103457028-0.34052641589-0.04353415345670.187624300030.272546654464-0.122165032197-0.02678063688130.7117062206810.0848113271540.83717299817-22.8803841777-18.35407955767.89136366431
38.85955492038-2.861409660772.014661891992.65991106536-3.219179102968.47542562629-0.895836547189-0.6756960831061.618808703210.6939463449571.013716463440.415077027946-0.931682847975-0.631865070633-0.0990369893240.5785318029790.128447894727-0.04730172795990.806136542262-0.07849891764580.95563476969-34.6210311722-19.65602748372.5150686471
42.84675757626-0.05557086084521.206476771076.04346700201-1.871755168723.583821171450.2010509459351.59251605436-0.666954522722-1.11872825605-0.460741290901-0.2496713956430.4825529584820.1224740189180.447932370820.350622335168-0.017714329307-0.1149671925831.55202474872-0.09918547697391.08798578684-40.6635142957-24.9828568577-1.95512699947
50.8231383917110.8777357608311.480306446652.878083256212.357001883722.983858414320.366392788772-2.33295921671-0.7206624561230.983549757553-0.3157245054541.301396632380.5999033656440.249147113089-0.1733708874220.59199658925-0.2058466628950.01312357502671.075972407270.06476440329481.07845481891-35.5141194561-29.560797416410.4644574662
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77chain 'B' and (resid 75 through 119 )BB75 - 11925 - 69
88chain 'C' and (resid 10 through 30 )CD10 - 301 - 21
99chain 'C' and (resid 31 through 67 )CD31 - 6722 - 58
1010chain 'C' and (resid 68 through 85 )CD68 - 8559 - 76
1111chain 'C' and (resid 86 through 119 )CD86 - 11977 - 110
1212chain 'D' and (resid 48 through 60 )DE48 - 601 - 13
1313chain 'D' and (resid 61 through 74 )DE61 - 7414 - 24
1414chain 'D' and (resid 75 through 91 )DE75 - 9125 - 41
1515chain 'D' and (resid 92 through 119 )DE92 - 11942 - 69
1616chain 'E' and (resid 11 through 33 )EG11 - 331 - 23
1717chain 'E' and (resid 34 through 47 )EG34 - 4724 - 37
1818chain 'E' and (resid 48 through 65 )EG48 - 6538 - 53
1919chain 'E' and (resid 66 through 75 )EG66 - 7554 - 63
2020chain 'F' and (resid 51 through 60 )FH51 - 601 - 10
2121chain 'F' and (resid 61 through 74 )FH61 - 7411 - 18
2222chain 'F' and (resid 75 through 91 )FH75 - 9119 - 35
2323chain 'F' and (resid 92 through 119 )FH92 - 11936 - 63
2424chain 'G' and (resid 12 through 47 )GI12 - 471 - 36
2525chain 'G' and (resid 48 through 101 )GI48 - 10137 - 90
2626chain 'G' and (resid 102 through 118 )GI102 - 11891 - 107
2727chain 'H' and (resid 49 through 91 )HJ49 - 911 - 36
2828chain 'H' and (resid 92 through 119 )HJ92 - 11937 - 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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