PDB-8am4: Cl-rsEGFP2 Long Wavelength Structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8am4

タイトル

Cl-rsEGFP2 Long Wavelength Structure

要素

Green fluorescent protein

緑色蛍光タンパク質

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / GFP-like protein /

beta-barrel (Βバレル) /

bioluminescence (生物発光)

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related /

緑色蛍光タンパク質 /

生物発光 / generation of precursor metabolites and energy /

緑色蛍光タンパク質

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Orr, C.M. / Fadini, A. / van Thor, J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Serial Femtosecond Crystallography Reveals that Photoactivation in a Fluorescent Protein Proceeds via the Hula Twist Mechanism.
著者: Fadini, A. / Hutchison, C.D.M. / Morozov, D. / Chang, J. / Maghlaoui, K. / Perrett, S. / Luo, F. / Kho, J.C.X. / Romei, M.G. / Morgan, R.M.L. / Orr, C.M. / Cordon-Preciado, V. / Fujiwara, T. ...

履歴

登録	2022年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8am4.cif.gz	60.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8am4.ent.gz	41.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8am4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/8am4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/8am4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a6gC 8a6nC 8a6oC 8a6pC 8a6qC 8a6rC 8a6sC 8a7vC 8a83C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (6) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.915, 63.25, 70.587
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Green fluorescent protein / 緑色蛍光タンパク質分子量: 28566.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.54 % / 解説: 500 um x 200 um x 200 um
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM Hepes pH 8.0, 1.80 M ammonium sulphate, 20 mM NaCl

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Ambient temp details	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	50	Conductive cooling	1	N
2	50	Conductive cooling	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I23	1	3.0996
シンクロトロン	Diamond	I23	2	4.42801

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 12M	1	PIXEL	2021年7月8日
DECTRIS PILATUS 12M	2	PIXEL	2021年7月8日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	3.0996	1
2	4.42801	1

反射

Entry-ID: 8AM4

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Diffraction-ID	Net I/σ(I)	B_iso Wilson estimate (Å²)
2.02-47.11	12297	80.7	1.9	0.998	0.032	0.032	0.046	1	24.7
2.89-50.92	4776	88.7	6.2	0.987		0.05		2	13	36.36

反射シェル

解像度: 2.02→2.08 Å / R_merge(I) obs: 0.112 / Num. unique obs: 571 / CC_1/2: 0.987 / R_pim(I) all: 0.112 / R_rim(I) all: 0.159

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定
GDA		データ収集
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.02→47.11 Å / 交差検証法: THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2572	775	5.06 %	Random selection
R_work	0.1959	-	-	-
obs	-	11673	80.7 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→47.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1822	0	0	0	1822

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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