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- PDB-8ako: Structure of EspB-EspK complex: the non-identical twin of the PE-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ako
タイトルStructure of EspB-EspK complex: the non-identical twin of the PE-PPE-EspG secretion mechanism.
要素
  • ESX-1 secretion-associated protein EspB
  • ESX-1 secretion-associated protein EspK
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / Secretion Mycrobial protein Virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type VII secretion system / biological process involved in interaction with host / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ESX-1 secretion-associated protein EspB, PE domain / ESX-1 secreted protein B PE domain / ESAT-6-like superfamily / PPE superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ESX-1 secretion-associated protein EspK / ESX-1 secretion-associated protein EspB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.293 Å
データ登録者Gijsbers, A. / Eymery, M. / Menart, I. / Vinciauskaite, V. / Gao, Y. / Siliqi, D. / Peters, P. / Mccarthy, A. / Ravelli, R.B.G.
資金援助 オランダ, European Union, フランス, 4件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)731.016.407 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)184.034.014 オランダ
European Union (EU)766970European Union
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05-02 フランス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: The crystal structure of the EspB-EspK virulence factor-chaperone complex suggests an additional type VII secretion mechanism in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Gijsbers, A. / Eymery, M. / Gao, Y. / Menart, I. / Vinciauskaite, V. / Siliqi, D. / Peters, P.J. / McCarthy, A. / Ravelli, R.B.G.
履歴
登録2022年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-1 secretion-associated protein EspB
B: ESX-1 secretion-associated protein EspK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1592
ポリマ－59,1592
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.579, 101.579, 377.045
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 ESX-1 secretion-associated protein EspB / Antigen MTB48


分子量: 32711.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: espB, mtb48, Rv3881c, MTV027.16c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJD9
#2: タンパク質 ESX-1 secretion-associated protein EspK


分子量: 26447.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: espK, Rv3879c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJC1
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2-1.2 M sodium malonate 0.1 M HEPES (pH 7.8) 8-14% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月12日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→85.82 Å / Num. obs: 28129 / % possible obs: 53.2 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 63.86 Å2 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1406 / Rpim(I) all: 0.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XXX

4xxx


解像度: 2.293→85.816 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / WRfactor Rfree: 0.28 / WRfactor Rwork: 0.247 / Average fsc free: 0.8555 / Average fsc work: 0.8707 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.308
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2786 1444 5.133 %RANDOM
Rwork0.2348 26685 --
all0.237 ---
obs-28129 53.194 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 84.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.034 Å2-0.017 Å2-0 Å2
2---0.034 Å20 Å2
3---0.111 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.293→85.816 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3892 0 0 38 3930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0123980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.6395436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1745504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.90322.5216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.01115612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1251529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.170.21694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.22733
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1090.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1910.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it08.3792023
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it012.5672526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it08.4161955
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it012.492910
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it0111.0435769
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.39433978
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.293-2.3520.43230.529108X-RAY DIFFRACTION2.8936
2.352-2.4170.686110.45297X-RAY DIFFRACTION8.2796
2.417-2.4870.369200.383367X-RAY DIFFRACTION10.6553
2.487-2.5630.419140.386453X-RAY DIFFRACTION13.32
2.563-2.6470.402280.332586X-RAY DIFFRACTION17.9795
2.647-2.740.376480.32694X-RAY DIFFRACTION22.1757
2.74-2.8430.356530.342855X-RAY DIFFRACTION28.2778
2.843-2.9590.386630.321158X-RAY DIFFRACTION39.7073
2.959-3.0910.386770.3151543X-RAY DIFFRACTION54
3.091-3.2410.3611130.3122389X-RAY DIFFRACTION88.3163
3.241-3.4170.3251690.2972560X-RAY DIFFRACTION99.6713
3.417-3.6230.2981220.2492476X-RAY DIFFRACTION99.9231
3.623-3.8730.2691390.2312276X-RAY DIFFRACTION99.711
3.873-4.1830.2551190.2262172X-RAY DIFFRACTION99.7822
4.183-4.5810.2841110.2062010X-RAY DIFFRACTION99.8118
4.581-5.120.278830.2051849X-RAY DIFFRACTION99.7419
5.12-5.9090.27940.231639X-RAY DIFFRACTION99.5977
5.909-7.2290.231780.2231418X-RAY DIFFRACTION99.8665
7.229-10.1880.194620.1641137X-RAY DIFFRACTION99.6675
10.188-85.8160.292370.226698X-RAY DIFFRACTION98.3936

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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