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- PDB-8ah4: Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein in th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ah4
タイトルCrystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein in the space group P3112 at pH 4.0
要素cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / PDZ domain (PDZドメイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


胚 / AMPA glutamate receptor clustering / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / postsynaptic density membrane / neuromuscular junction / kinase binding / 細胞接着 / chemical synaptic transmission / basolateral plasma membrane / neuron projection
類似検索 - 分子機能
PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. ...PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZドメイン / SH3ドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
Model detailspH 4.0 P3112 polymorph
データ登録者Camara-Artigas, A. / Salinas Garcia, M.C.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Other governmentUAL-FEDER-UAL18-BIO-B005-B スペイン
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2023
タイトル: pH-Driven Polymorphic Behaviour of the Third PDZ Domain of PSD95: The Role of Electrostatic Interactions
著者: Salinas-Garcia, M.C. / Plaza-Garrido, M. / Gavira, J.A. / Murciano-Calles, J. / Andujar-Sanchez, M. / Ortiz-Salmeron, E. / Martinez, J.C. / Camara-Artigas, A.
履歴
登録2022年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4
B: cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4
C: cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4
D: cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4
E: cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4
F: cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,24512
ポリマ－66,8916
非ポリマー3546
水9,260514
1
A: cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2673
ポリマ－11,1481
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2082
ポリマ－11,1481
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2082
ポリマ－11,1481
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2082
ポリマ－11,1481
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1481
ポリマ－11,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2082
ポリマ－11,1481
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.698, 61.698, 228.702
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-668-

HOH

21D-665-

HOH

31E-535-

HOH

41E-579-

HOH

51F-663-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 309 through 310 and (name N...
21(chain B and (resid 309 through 311 or resid 313...
31(chain C and ((resid 309 through 310 and (name N...
41(chain D and (resid 309 through 311 or resid 313...
51(chain E and (resid 309 through 311 or resid 313...
61(chain F and (resid 309 through 311 or resid 313...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGGLUGLU(chain A and ((resid 309 through 310 and (name N...AA309 - 31010 - 11
12PROPROGLUGLU(chain A and ((resid 309 through 310 and (name N...AA308 - 4019 - 102
13PROPROGLUGLU(chain A and ((resid 309 through 310 and (name N...AA308 - 4019 - 102
14PROPROGLUGLU(chain A and ((resid 309 through 310 and (name N...AA308 - 4019 - 102
15PROPROGLUGLU(chain A and ((resid 309 through 310 and (name N...AA308 - 4019 - 102
21ARGARGPROPRO(chain B and (resid 309 through 311 or resid 313...BB309 - 31110 - 12
22ARGARGGLYGLY(chain B and (resid 309 through 311 or resid 313...BB313 - 31914 - 20
23SERSERTHRTHR(chain B and (resid 309 through 311 or resid 313...BB320 - 32121 - 22
24ILEILEACTACT(chain B and (resid 309 through 311 or resid 313...BB - I307 - 5018
25ILEILEACTACT(chain B and (resid 309 through 311 or resid 313...BB - I307 - 5018
26ILEILEACTACT(chain B and (resid 309 through 311 or resid 313...BB - I307 - 5018
27ILEILEACTACT(chain B and (resid 309 through 311 or resid 313...BB - I307 - 5018
31ARGARGGLUGLU(chain C and ((resid 309 through 310 and (name N...CC309 - 31010 - 11
32PROPROGLUGLU(chain C and ((resid 309 through 310 and (name N...CC308 - 4019 - 102
33PROPROGLUGLU(chain C and ((resid 309 through 310 and (name N...CC308 - 4019 - 102
34PROPROGLUGLU(chain C and ((resid 309 through 310 and (name N...CC308 - 4019 - 102
35PROPROGLUGLU(chain C and ((resid 309 through 310 and (name N...CC308 - 4019 - 102
41ARGARGPROPRO(chain D and (resid 309 through 311 or resid 313...DD309 - 31110 - 12
42ARGARGGLYGLY(chain D and (resid 309 through 311 or resid 313...DD313 - 33014 - 31
43ASPASPGLYGLY(chain D and (resid 309 through 311 or resid 313...DD332 - 33333 - 34
44GLYGLYLEULEU(chain D and (resid 309 through 311 or resid 313...DD335 - 35336 - 54
45ARGARGLYSLYS(chain D and (resid 309 through 311 or resid 313...DD354 - 35555 - 56
46ARGARGPHEPHE(chain D and (resid 309 through 311 or resid 313...DD309 - 40010 - 101
47ARGARGPHEPHE(chain D and (resid 309 through 311 or resid 313...DD309 - 40010 - 101
48ARGARGPHEPHE(chain D and (resid 309 through 311 or resid 313...DD309 - 40010 - 101
49ARGARGPHEPHE(chain D and (resid 309 through 311 or resid 313...DD309 - 40010 - 101
51ARGARGPROPRO(chain E and (resid 309 through 311 or resid 313...EE309 - 31110 - 12
52ARGARGGLYGLY(chain E and (resid 309 through 311 or resid 313...EE313 - 31914 - 20
53SERSERTHRTHR(chain E and (resid 309 through 311 or resid 313...EE320 - 32121 - 22
54ARGARGALAALA(chain E and (resid 309 through 311 or resid 313...EE309 - 40210 - 103
55ARGARGALAALA(chain E and (resid 309 through 311 or resid 313...EE309 - 40210 - 103
56ARGARGALAALA(chain E and (resid 309 through 311 or resid 313...EE309 - 40210 - 103
57ARGARGALAALA(chain E and (resid 309 through 311 or resid 313...EE309 - 40210 - 103
61ARGARGPROPRO(chain F and (resid 309 through 311 or resid 313...FF309 - 31110 - 12
62ARGARGGLYGLY(chain F and (resid 309 through 311 or resid 313...FF313 - 31914 - 20
63SERSERTHRTHR(chain F and (resid 309 through 311 or resid 313...FF320 - 32121 - 22
64PROPROLYSLYS(chain F and (resid 309 through 311 or resid 313...FF308 - 4039 - 104
65PROPROLYSLYS(chain F and (resid 309 through 311 or resid 313...FF308 - 4039 - 104
66PROPROLYSLYS(chain F and (resid 309 through 311 or resid 313...FF308 - 4039 - 104
67PROPROLYSLYS(chain F and (resid 309 through 311 or resid 313...FF308 - 4039 - 104

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要素

#1: タンパク質
cDNA FLJ50577, highly similar to Discs large homolog 4


分子量: 11148.488 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7Z4H2
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 30% PEG4K, 0.2M AMSO4, 0.1M AcONa

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.478→52.031 Å / Num. obs: 59113 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 16.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.478→1.635 Å / Rmerge(I) obs: 0.692 / Num. unique obs: 2957 / CC1/2: 0.722

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QJI

6qji


解像度: 1.48→48.41 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 2882 4.89 %
Rwork0.1949 56098 -
obs0.1966 58980 70.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.59 Å2 / Biso mean: 24.411 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.48→48.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4140 0 42 516 4698
Biso mean--38.28 30.46 -
残基数----565
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2179X-RAY DIFFRACTION8.376TORSIONAL
12B2179X-RAY DIFFRACTION8.376TORSIONAL
13C2179X-RAY DIFFRACTION8.376TORSIONAL
14D2179X-RAY DIFFRACTION8.376TORSIONAL
15E2179X-RAY DIFFRACTION8.376TORSIONAL
16F2179X-RAY DIFFRACTION8.376TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.48-1.50.495930.36491281313
1.5-1.530.430360.29992372436
1.53-1.560.3409280.314242645412
1.56-1.590.4079370.293261665316
1.59-1.620.3122420.290787591723
1.62-1.650.3212780.27641128120631
1.65-1.690.3361740.25841548162241
1.69-1.730.27961420.2662675281771
1.73-1.780.27061830.2573442362591
1.78-1.830.27961760.24113739391599
1.83-1.890.27471920.225937683960100
1.89-1.960.2471710.213738253996100
1.96-2.040.2191850.19837973982100
2.04-2.130.23752070.18673788399599
2.13-2.240.22811990.18163743394299
2.24-2.380.20862140.183753396798
2.39-2.570.23121740.19143751392598
2.57-2.830.24111890.18843656384596
2.83-3.240.19961630.17413525368891
3.24-4.080.21062150.159438394054100
4.08-48.410.21942040.20973839404397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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