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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8afp | ||||||
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タイトル | Structure of fibronectin 2 and 3 of L1CAM at 3.0 Angstrom | ||||||
要素 | Neural cell adhesion molecule L1 | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / fibronectin (フィブロネクチン) / glycans (糖鎖) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L1CAM interactions / axon guidance receptor activity / Interaction between L1 and Ankyrins / Basigin interactions / axon development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / Recycling pathway of L1 / positive regulation of axon extension / axonal growth cone / cell-matrix adhesion ...L1CAM interactions / axon guidance receptor activity / Interaction between L1 and Ankyrins / Basigin interactions / axon development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / Recycling pathway of L1 / positive regulation of axon extension / axonal growth cone / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / 軸索誘導 / synapse organization / neuron projection development / 走化性 / 遊走 / nervous system development / collagen-containing extracellular matrix / 細胞接着 / protein domain specific binding / 神経繊維 / focal adhesion / neuronal cell body / 樹状突起 / 細胞膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Guedez, G. / Loew, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Faseb J. / 年: 2023 タイトル: X-ray structure and function of fibronectin domains two and three of the neural cell adhesion molecule L1. 著者: Guedez, G. / Loers, G. / Jeffries, C.M. / Kozak, S. / Meijers, R. / Svergun, D.I. / Schachner, M. / Low, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8afp.cif.gz | 114.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8afp.ent.gz | 76.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8afp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/8afp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/8afp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8afoC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24377.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: L1CAM, CAML1, MIC5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32004 | ||
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.14 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 150 mM sodium citrate pH 5.5, 10.6% PEG 20.000, 10 mM sodium potassium tartrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 11342 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 74.86 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.25 Å / Num. unique obs: 548 / CC1/2: 0.98 / Rrim(I) all: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→35.8 Å / SU ML: 0.2727 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.2545 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→35.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -17.6869627417 Å / Origin y: -26.4588455953 Å / Origin z: 11.9783920516 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |