+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8afk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of iRFP variant C15S/N136R/V256C in complex with phycocyanobilin | ||||||
![]() | Near-infrared fluorescent protein | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Remeeva, A. / Kovalev, K. / Gushchin, I. / Fonin, A. / Turoverov, K. / Stepanenko, O. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of iRFP variant C15S/N136R/V256C in complex with phycocyanobilin 著者: Remeeva, A. / Kovalev, K. / Gushchin, I. / Fonin, A. / Turoverov, K. / Stepanenko, O. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 95.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4e04S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34671.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: iRFP / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.35 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG1000 10% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.015→69.7 Å / Num. obs: 30361 / % possible obs: 75.4 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.9994 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 14.257 |
反射 シェル | 解像度: 2.015→2.182 Å / Num. unique obs: 1898 / CC1/2: 0.2832 / Rpim(I) all: 1.406 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.18 Å2 / Biso mean: 57.27 Å2 / Biso min: 30.84 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.015→19.99 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.02→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
|