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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8acu | ||||||
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タイトル | Structure of Bacillus subtilis Rel in complex with DarB | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Rel / GTP pyrophosphokinase / DarB / CBPB / stringent factor / translation (翻訳 (生物学)) / ribosome (リボソーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / GTP diphosphokinase / kinase activity / リン酸化 / GTP binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å | ||||||
データ登録者 | Garcia-Pino, A. | ||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Bacillus subtilis Rel in complex with DarB 著者: Garcia-Pino, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8acu.cif.gz | 380.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8acu.ent.gz | 309.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8acu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/8acu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/8acu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6s2tS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43479.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: relA, BSU27600 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O54408, GTP diphosphokinase #2: タンパク質 | 分子量: 16653.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) 遺伝子: B4417_3749, Bateq7PJ16_1575, C6Y43_13715, FAL52_03995 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A164SLA6 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 % |
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結晶化 | 温度: 293.16 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Magnesium chloride hexahydrate 0.1 M Sodium HEPES 7.5 10 % w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.97→77.6 Å / Num. obs: 22489 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 20.1 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.97→3.08 Å / Num. unique obs: 1023 / CC1/2: 0.387 / Rpim(I) all: 0.851 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6S2T 解像度: 2.97→75.72 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.52 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.97→75.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.9521 Å / Origin y: -24.4312 Å / Origin z: 27.0744 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |